Desde las etapas iniciales del diseño y operación del Programa, el Gobierno Federal consideró necesaria la evaluación de su funcionamiento, así como de sus efectos sobre las condiciones de vida de las familias beneficiarias. Para lograr esto, se planteó el diseño de una muestra de evaluación de tipo experimental con la cual se pudieran, por un lado, cuantificar cambios en los indicadores de bienestar de la población beneficiaria y, por otro, evaluar si los cambios en estos indicadores podían atribuirse a la intervención del Programa. El diseño experimental de PROSPERA ha sido un modelo a seguir en materia de evaluación de programas sociales en Latinoamérica y el mundo.