Las funciones del Órgano Interno de Control son, revisar y evaluar con base en las directrices de la Secretaría de la Función Pública la gestión, desempeño organización y operación de cada una de las unidades administrativas del INIFAP, para prevenir, detectar, solucionar y sancionar los actos de corrupción, e impulsar la mejora de la calidad y la transparencia.