Las hostilidades entre el ejército liberal y conservador, llevaron al presidente Benito Juárez y a sus ministros a desplazarse hacia Guadalajara donde ocuparon el Palacio de Gobierno para realizar las actividades propias del poder ejecutivo.
El 13 de marzo de 1858, luego de algunos combates, tropas que se habían pronunciado en contra del gobierno constitucional irrumpieron en las oficinas del Palacio de Gobierno de Guadalajara gritando consignas como ¡viva el ejército! ¡Viva la religión! Benito Juárez, Melchor Ocampo, Guillermo Prieto, Manuel Ruiz, Santos Degollado y Matías Romero fueron aprehendidos y recluidos en las oficinas.
Al día siguiente, el teniente Filomeno Bravo hizo tomar las armas a los soldados de la guardia bajo su mando, los formó frente a Juárez y dio la voz ¡al hombro! ¡Presenten! ¡Preparen! ¡Apunten! En ese momento se presentó Guillermo Prieto ante los fusiles y cubriendo con su cuerpo al presidente se dirigió a los soldados tratando de impedir que le arrebataran la vida.
El propio Guillermo Prieto escribiría después sobre el suceso:
Rápido como el pensamiento, tomé al señor Juárez de la ropa, lo cubrí con mi cuerpo y ahogando la voz de "fuego" que tronaba en aquel instante, grité: "¡Levanten esas armas!, ¡levanten esas armas!, ¡los valientes no asesinan ... !" y hablé, hablé, yo no sé qué hablaba en mí que me ponía alto y poderoso, y veía, entre una nube de sangre, pequeño todo lo que me rodeaba; sentía que lo subyugaba, que desbarataba el peligro, que lo tenía a mis pies... Repito que yo hablaba, y no puedo darme cuenta de lo que dije... a medida que mi voz sonaba, la actitud de los soldados cambiaba... un viejo de barbas canas que tenía al frente, y con quien me encaré diciéndole: "¿Quieren sangre? ¡Bébanse la mía...!" alzó el fusil... los otros hicieron lo mismo... Entonces vitoreé a Jalisco.
El 15 de marzo, Guadalajara fue tomada por tropas liberales. El presidente Juárez y los miembros de su gabinete recuperaron su libertad. No obstante, debido al avance militar de los conservadores, decidieron trasladarse hacia la ciudad de Colima, donde se establecieron el 25 de marzo de 1858.