Los instrumentos operativos son aquellos que deben utilizar las instituciones del Sistema Nacional de Salud adheridas al Acuerdo General de Coordinación para el Intercambio y/o Prestación Unilateral de Servicios de Atención Médica y, de conformidad con su ANEXO 2 (Manual de Lineamientos) son de carácter obligatorio.
Tienen la finalidad de homologar los formatos y procedimientos entre las instituciones para garantizar una implementación adecuada del programa de Intercambio de Servicios.