Los instrumentos que determinan las estrategias de conservación y uso de las áreas naturales protegidas a nivel mundial se han conceptualizado como planes o programas de manejo, programas de conservación, programas de conservación y manejo, planes rectores, planes directores, etc.
Con la publicación en 1988 de la Ley General del Equilibrio Ecológico y Protección al Ambiente (LGEEPA) en la cual se mencionan como programas de manejo y en la modificación de 1996 de la misma se enuncian, en su artículo 65, como programa de manejo. En el Reglamento en materia de ANP del 2000 en su artículo 3°, Fracción XI se define el programa de manejo como el instrumento rector de planeación y regulación que establece las actividades, acciones y lineamientos básicos para el manejo y la administración del área natural protegida respectiva.
| Área Natural Protegida | Superficie (ha) | Publicación del Resumen en el DOF | Archivo |
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Reserva de la Biosfera El Pinacate y Gran Desierto de Altar |
714,556-50-00 | 2 de julio de 1996 |
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Área de Protección de Flora y Fauna Laguna de Términos |
705,016-51-25 | 4 de junio de 1997 |
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Parque Nacional Arrecifes de Cozumel |
11,987-87-50 | 2 de octubre de 1998 |
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Área de Protección de Flora y Fauna Cuatrociénegas |
84,347-47-00 | 24 de marzo del 2000 |
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| Reserva de la Biosfera Calakmul | 723,185-12-50 | 7 de abril de 2000 |
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| Reserva de la Biosfera Ría Lagartos | 60,347-82-71 | 12 de abril de 2000 |
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| Reserva de la Biosfera Sierra Gorda | 383,567-44-87.5 | 8 de mayo de 2000 |
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| Reserva de la Biosfera El Vizcaíno | 2,546,790-25-00 | 1 de septiembre de 2000 |
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| Reserva de la Biosfera La Encrucijada | 144,868-15-87.5 | 13 de septiembre de 2000 |
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| Reserva de la Biosfera El Triunfo | 119,177-29-00 | 15 de septiembre de 2000 |
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| Reserva de la Biosfera La Sepultura | 167,309-86-25 | 15 de septiembre de 2000 |
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| Parque Nacional Arrecife de Puerto Morelos | 9,066-63-11 | 18 de septiembre de 2000 |
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| Reserva de la Biosfera Banco Chinchorro | 144,360-00-00 | 25 de septiembre de 2000 |
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| Reserva de la Biosfera Pantanos de Centla | 302,706-62-50 | 26 de septiembre de 2000 |
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| Reserva de la Biosfera Montes Azules | 331,200 | 16 de noviembre de 2000 |
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| Reserva de la Biosfera Sierra de Manantlán | 139,577-12-50 | 17 de noviembre de 2000 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Islas del Golfo de California | 300,000 | 17 de abril de 2001 |
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| Componente del Complejo Insular Espíritu Santo (Islas del Golfo) | 101.7515 km2 | 18 de abril de 2001 |
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| Modificación: 24 de julio de 2001 |
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| Reserva de la Biosfera Mariposa Monarca | 56,259-05-07.275 | 30 de abril de 2001 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna La Primavera | 30,500 | 22 de mayo de 2001 |
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| Reserva de la Biosfera Selva El Ocote | 101,288-15-12.5 | 19 de diciembre de 2001 |
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| Parque Nacional Bahía de Loreto | 206,580-75-00 | 23 de abril de 2019 |
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| Reserva de la Biosfera Ría Celestún | 81,482-33-44.545 | 22 de noviembre de 2002 |
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| Parque Nacional Huatulco | 11,890-98-00 | 2 de diciembre de 2002 |
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| Reserva de la Biosfera Barranca de Metztitlán | 96,042-94-70.18 | 11 de marzo de 2003 |
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| Reserva de la Biosfera Sierra La Laguna | 112,437-07-25 | 19 de junio de 2003 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Cañón de Santa Elena | 277,209-72-12.5 | 5 de junio de 2012 |
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| Reserva de la Biosfera Chamela-Cuixmala | 13,141-69-24.5 | 20 de enero de 1997 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Maderas del Carmen | 208,381-15-00 | 6 de junio de 2012 |
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| Reserva de la Biosfera Sian Ka'an | 528,147-66-80 | 23 de enero de 2015 |
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| Parque Nacional Arrecifes de Xcalak | 17,949-45-62.025 | 8 de octubre de 2004 |
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| Parque Nacional Isla Isabel | 194.17 | 16 de junio de 2006 |
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| Reserva de la Biosfera Mapimí | 342,387-99-17.225 | 24 de octubre de 2006 |
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| Reserva de la Biosfera Sierra de Huautla | 59,030-94-15.9 | 27 de noviembre de 2007 |
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| Parque Nacional Arrecife Alacranes | 333,768-50-50 | 29 de noviembre de 2007 |
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| Parque Nacional Desierto de los Leones | 1,529 | 5 de junio de 2006 |
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| Parque Nacional Grutas de Cacahuamilpa | 1,600 | 22 de abril de 2009 |
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| Parque Nacional El Chico | 2,739-02-63 | 27 de agosto de 2009 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Metzabok | 3,368-35-87.5 | 6 de enero de 2009 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Nahá | 3,847-41-59.5 | 7 de enero de 2009 |
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| Reserva de la Biosfera Los Petenes | 282,857-62-70.6 | 22 de abril de 2009 |
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| Reserva de la Biosfera Los Tuxtlas | 155,122-46-90 | 27 de noviembre de 2009 |
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| Parque Nacional Cabo Pulmo | 7,111-01-00 | 13 de noviembre de 2009 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Otoch Ma'ax Yetel Kooh | 5,367-42-35 | 6 de noviembre de 2009 |
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| Parque Nacional Barranca del Cupatitzio | 458.210 | 22 de abril de 2009 |
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| Parque Nacional Sierra de San Pedro Mártir | 72,910-68-00 | 15 de diciembre de 2009 |
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| Parque Nacional Volcán Nevado de Colima | 6,554.75 | 14 de diciembre de 2009 |
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| Reserva de la Biosfera Alto Golfo de California y Delta del Río Colorado | 934,756-25-00 | 25 de septiembre de 2009 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Bala'an K'aax | 128,390-15-54.9 | 25 de febrero de 2011 |
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| Parque Nacional Lagunas de Montebello | 6,425-49-27 | 18 de diciembre de 2009 |
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| Reserva de la Biosfera Isla San Pedro Mártir | 30,165-23-76.165 | 1 de febrero de 2011 |
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| Reserva de la Biosfera Islas Marías | 641,284-73-74.2 | 20 de agosto de 2021 |
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| Monumento Natural de Yaxchilán | 2,621-25-23 | 8 de julio de 2010 |
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| Monumento Natural Bonampak | 4,357-40-00 | 8 de julio de 2010 |
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| Parque Nacional Islas Marietas | 1,383-01-96.95 | 25 de febrero de 2011 |
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| Parque Nacional Constitución de 1857 | 5,009.48-61 | 1 de marzo 2011 |
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| Parque Nacional El Tepozteco | 23,258.70 | 9 de mayo 2011 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Uaymil | 89,118-15-35.5 | 3 de mayo 2011 |
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| Parque Nacional Lagunas de Zempoala | 4,790-00-00 | 8 de marzo 2011 |
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| Reserva de la Biosfera Arrecifes de Sian Ka'an | 34,927-15-84 | 13 de junio de 2011 |
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| Santuario Islas La Pajarera, Cocinas, Mamut, Colorada, San Pedro, San Agustin, San Andrés y Negrita y los Islotes Los Anegados, Novillas, Mosca y Submarino, situados en la Bahía de Chamela | 1,981-43-93.2 | 14 de junio de 2011 |
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| Reserva de la Biosfera Isla Guadalupe | 476,971-20-15.79 | 17 de junio de 2011 |
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| Reserva de la Biosfera Tehuacán-Cuicatlán | 490,186-87-54.7 | 8 de junio de 2012 |
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| Parque Nacional Sierra de Órganos | 1,124-65-61.76 | 22 de noviembre de 2012 |
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| Reserva de la Biosfera Volcán Tacaná | 6,378-36-95.86 | 22 de noviembre de 2012 |
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| Reserva de la Biosfera Janos | 526,482-42-66.80 | 22 de noviembre de 2012 |
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| Monumento Natural Yagul | 1,076-06-38.6 | 27 de noviembre de 2012 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Pico de Tancítaro | 23,405-92-09.55 | 2 de abril de 2013 |
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| Parque Nacional Iztaccíhuatl-Popocatépetl | 39,819-08-60.00 | 2 de abril de 2013 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Médanos de Samalayuca | 63,182-33-07.035 | 2 de abril de 2013 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Valle de los Cirios | 2,521,987.61 | 2 de abril de 2013 |
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| Monumento Natural Río Bravo del Norte | 2,175-00-00 | 3 de abril de 2013 |
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| Parque Nacional La Montaña Malinche o Matlalcuéyatl | 46,112.241416 | 3 de abril de 2013 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Boquerón de Tonalá | 3,912-31-58.12 | 3 de abril de 2013 |
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| Reserva de la Biosfera Marismas Nacionales Nayarit | 133,854-39-07.39 | 3 de abril de 2013 |
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| Reserva de la Biosfera Sierra del Abra Tanchipa | 21,464-44-25 | 31 de octubre de 2013 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Tutuaca | 436,985-66-93.36 | 1 de noviembre de 2013 |
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| Reserva de la Biosfera Bahía de los Ángeles, Canales de Ballenas y de Salsipuedes | 387,956-88-42.30 | 5 de noviembre de 2013 |
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| Reserva de la Biosfera Zicuirán-Infiernillo | 265,117-78-16.31 | 6 de noviembre de 2013 |
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| Parque Nacional Lagunas de Chacahua | 14,896-07-33.95 | 11 de noviembre de 2013 |
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| Parque Nacional Benito Juárez | 2,591-51-56.59 | 27 de diciembre de 2013 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Sistema Arrecifal Lobos-Tuxpan | 30,571-15-03.44 | 6 de enero de 2014 |
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| Monumento Natural Cerro de la Silla | 6,039.39875 | 6 de enero de 2014 |
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| Santuario Ventilas Hidrotermales de la Cuenca de Guaymas y de la Dorsal del Pacífico Oriental | 145,564-80-83.88 | 21 de febrero de 2014 |
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| Parque Nacional Zona Marina del Archipiélago de Espíritu Santo | 48,654-83-10.41 | 19 de enero de 2015 |
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| Parque Nacional Zona Marina del Archipiélago de San Lorenzo | 58,442-80-45.40 | 20 de enero de 2015 |
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| Parque Nacional Cofre de Perote o Nauhcampatépetl | 11,530.73275 | 21 de enero de 2015 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Manglares de Nichupté | 4,257 | 22 de enero de 2015 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Sierra de Álamos-Río Cuchujaqui | 92,889-69-41.5 | 5 de junio de 2015 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Cañón del Usumacinta | 46,128.493473 | 5 de junio de 2015 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Ocampo | 344,238-23-33.19 | 5 de junio de 2015 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Sierra La Mojonera | 9,201.50-00 | 5 de junio de 2015 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Laguna Madre y Delta del Río Bravo | 572,808-60-94.22 | 9 de julio de 2015 |
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| Parque Nacional Pico de Orizaba | 19,750.005 | 9 de julio de 2015 |
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| Parque Nacional Isla Contoy | 5,126-25-95 | 9 de julio de 2015 |
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| Reserva de la Biosfera Tiburón Ballena | 145,988-13-61.71 | 9 de julio de 2015 |
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| Parque Nacional El Potosí | 2,000-00-00 | 29 de octubre de 2015 |
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| Parque Nacional Dzibilchantún | 539-43-92.68 | 29 de octubre de 2015 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Meseta de Cacaxtla | 50,862-31-25 | 29 de octubre de 2015 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Balandra | 2,512-73-07.50 | 29 de octubre de 2015 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna la porción norte y la franja costera oriental, terrestres y marinas de la Isla de Cozumel | 37,829-17-00.54 | 29 de octubre de 2015 |
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| Reserva de la Biosfera Complejo Lagunar Ojo de Liebre | 10,931.157446 | 8 de agosto 2016 |
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| Parque Nacional Gogorrón | 38.010-04-11.05 | 8 de agosto 2016 |
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| Parque Nacional Cumbres de Majalca | 4.701-27-57.83 | 8 de agosto 2016 |
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| Parque Nacional Cascada de Bassaseachic | 5.802.8513 | 8 de agosto 2016 |
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| Parque Nacional Costa Occidental de Isla Mujeres, Punta Cancún y Punta Nizuc | 8,673-06-00 | 2 de agosto 2016 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Nevado de Toluca | 53,590-67-86.28 | 21 de octubre del 2016 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Cascadas de Agua Azul | 2,541.856378 | 22 de mayo de 2017 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Cerro Mohinora | 9,126.3568695 | 22 de mayo de 2017 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Papigochic | 222,763.853572 | 22 de mayo de 2017 |
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| Parque Nacional Sistema Arrecifal Veracruzano | 65,516.470805 | 22 de mayo de 2017 |
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| Reserva de la Biosfera Pacífico Mexicano Profundo | 57,786,214-93-74.44 | 5 de junio de 2018 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Chan-Kin | 2,184-98-75 | 5 de junio de 2018 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Ciénegas de Lerma | 1,598.947138 | 5 de septiembre de 2018 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Yum Balam | 154,052-25-00 | 5 de octubre de 2018 |
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| Área de Protección de Recursos Naturales cuencas de los ríos Valle de Bravo, Malacatepec, Tilostoc y Temascaltepec | 140,234.426159 | 30 de noviembre de 2018 |
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| Reserva de la Biosfera Caribe Mexicano | 5,754,055-36-31.60 | 30 de noviembre de 2018 |
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| Parque Nacional Revillagigedo | 14,808,780-12-47.80 | 30 de noviembre de 2018 |
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| Área de Protección de Recursos Naturales Zona de Protección Forestal en los terrenos que se encuentran en los municipios de La Concordia, Ángel Albino Corzo, Villa Flores y Jiquipilas, Chiapas (La Frailescana) | 116,734.0791 | 24 de abril de 2019 |
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| Parque Nacional Insurgente Miguel Hidalgo y Costilla | 1,889.965630 | 21 de mayo de 2019 |
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Parque Nacional El Sabinal |
8.0 | 23 de mayo de 2019 |
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Reserva de la Biosfera Islas Marías |
641,284-73-74.2 | 5 de agosto de 2022 |
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Parque Nacional Cumbres de Monterrey |
177,395.95 | 3 de enero de 2023 |
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Reserva de la Biosfera Isla Guadalupe |
476,971-20-15.79 | 9 de enero de 2023 |
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| Área de Protección de Flora y Fauna Jaguar | 2,249-71-04.30 | 19 de febrero de 2024 |  |