La Dirección Regional Centro y Eje Neovolcánico comprende los estados de Guanajuato, Querétaro, Hidalgo, Tlaxcala, Puebla, Oaxaca, Guerrero, (excluyendo la Zona Federal MarítimoTerrestre del Estado), así como la CDMX, Morelos y Estado de México,
Se encuentra en la región fisiográfica denominada Eje Neovolcánico conocido también como Sierra Volcánica Transversal, junto con la Sierra Madre del Sur. Se extiende desde el Océano Pacífico hasta el Golfo de México, constituyendo una ancha faja de 130 kilómetros. Entre las Áreas Naturales Protegidas que integra esta Dirección Regional destacan las Reservas de la Biosfera Barranca de Metztitlán, Tehuacán-Cuicatlán y Sierra Gorda; los Parques Nacionales El Chico, Grutas de Cacahuamilpa, Izta-Popo, Lagunas de Zempoala, La Malinche y Nevado de Toluca, así como el Corredor Biológico Chichinautzin.
Cuenta con una amplia diversidad diversidad de flora entre las que destacan bosques templados de pino, oyamel y encino, selva mediana, selva mediana, selva baja caducifolia, matorral xerófilo, pastizal y pastizal alpino, bosque mesófilo de montaña, vegetación acuática y mal país.
Entre las especies endémicas figuran el teporingo, ajolote, jaguar; en cuanto a vegetación, encontramos orquídeas, burseras, agaves, cicadas y beucarneas, entre otras.
Área de protección de Flora y Fauna Corredor Biológico Chichinautzin
Parque Nacional Grutas de Cacahuamilpa
Parque Nacional Iztaccíhuatl-Popocatépetl
Área de Protección de Flora y Fauna Nevado de Toluca