El 6 de abril de 2016 la Dirección de Autorización y Registro Profesional, dependiente de la Secretaría de Educación Pública, dio por aprobado el Registro de Establecimiento Educativo para la Universidad Naval, con lo que se inscribe a la misma como una Unidad Administrativa de la Secretaría de Marina, con validez oficial de estudios de conformidad con los artículos 18 de la Ley General de Educación y 9 de la Ley para la Coordinación de la Educación Superior con la clave de institución 090792, aglutinando así la currícula de los Planteles Navales existentes en la fecha.