Nació en la ciudad de México en el año de 1941. Ingresó a la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) a estudiar Física en 1958, titulándose en 1962 y obteniendo en 1965 el grado de Doctor en Física por esa misma institución. Al término de sus estudios realizó una estancia posdoctoral en la Universidad de Princeton.

A su regreso a México emprendió una fructífera carrera como investigador del Instituto de Física. Son muchos los campos en los que ha hecho aportaciones, como las aplicaciones de la teoría de grupos a la física nuclear, la estructura de los niveles en los núcleos y las matrices estocásticas, fenómenos cuánticos en partículas metálicas pequeñas, modelos físicos del subsuelo de la ciudad de México y su respuesta ante los terremotos, el caos cuántico y los fenómenos ondulatorios en medios con formas y estructuras complejas, por citar sólo algunos de los más relevantes.

Su labor en la divulgación y la difusión de la ciencia destaca por transmitir la pasión por la ciencia, la belleza del pensamiento científico y, en particular, la experiencia de la física y la matemática como formas de vida y de realización del ser humano. Su participación determinante en la fundación de la revista Naturaleza, el programa Domingos en la Ciencia, la construcción del museo de ciencias UNIVERSUM de la UNAM o la serie editorial La ciencia desde México, y el enorme esfuerzo y capacidad de trabajo que empeñó en todos ellos, son una muestra de su interés por la ciencia y en especial la física.

Asimismo su labor en pro de la ciencia no se ha limitado a las aulas de centros de investigación, su trabajo desde la administración pública también ha sido destacado. Ha fungido como director del Instituto de Física, como subsecretario de Educación Superior e Investigación Científica de la Secretaría de Educación Pública, como presidente de la Sociedad Mexicana de Física y de la Academia Mexicana de Ciencias, como director del Centro de Comunicación de la Ciencia, como coordinador del Programa de Posgrado en Ciencias Físicas y como director del Centro de Ciencias Físicas. En todo ello se orientó por el desarrollo de la ciencia en México y por la búsqueda de los apoyos, la infraestructura y el respaldo social que hicieran posible la constitución, el crecimiento y consolidación de la comunidad científica de México.

Por sus contribuciones, Jorge Flores ha recibido múltiples premios y distinciones, destacando entre ellos: el Premio de Ciencias de la Academia Mexicana de Ciencias, en 1972; el Premio “UniversidadNacional”, en 1988; el Premio “Kalinga” de la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura (UNESCO, por sus siglas en inglés), en 1992.