Las funciones encomendadas a SENEAM, tienen que ver con la seguridad y orden, aplicable al espacio aéreo mexicano.
Según se estipulan en el articulo segundo del acuerdo presidencial del 3 de octubre de 1978 las funciones que debe desempeñar el Órgano Desconcentrado SENEAM, son las siguientes:
1. Administrar las instalaciones de radio ayudas a la navegación, del sistema de radares, de las redes de telecomunicaciones aeronáuticas y de control de tránsito aéreo, lo cual implica coordinar la utilización, conservación y dirección de las mismas.
2. Planear, ejecutar, llevar a cabo y controlar las inversiones en infraestructura e instalación de los sistemas de radares, de radio ayudas a la navegación y de las redes de telecomunicaciones aeronáuticas.
3. Proporcionar los servicios de ayuda a la navegación aérea, tales como control de tránsito aéreo, meteorología, radio ayudas y telecomunicaciones aeronáuticas.