Los ecosistemas marinos del Archipiélago son conocidos por su excelente estado de conservación, paisajes excepcionalmente hermosos y por ser zona de algunas de las mayores agregaciones de fauna pelágica del mundo como tiburones, mantarrayas y mamíferos marinos.
En el caso de las tortugas marinas, son cuatro especies que llegan a anidar, alimentarse y reproducirse a las islas Socorro, Clarión, San Benedicto y Roca Partida: Laúd (Dermochelys coriacea), Golfina (Lepidochelys olivacea), Carey (Eretmochelys imbricata) y Verde (Chelonia mydas), todas consideradas en peligro de extinción de acuerdo a la Norma Oficial Mexicana NOM-059-SEMARNAT-2010
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