Durante el año de 1861, por algunos meses dejó de existir el Colegio Militar, ya que el entonces Presidente Lic. Benito Juárez, dispuso que se estableciera la Escuela Militar de Infantería y Caballería, pero por las difíciles circunstancias del momento, sólo pudo establecerse, aunque sin alumnos, hasta finales de año, ocupando el ex convento de San Fernando. Para enero de 1862, tomo nuevamente su nombre de Colegio Militar, pasando a ocupar una vez más su alojamiento en el Castillo de Chapultepec.
En 1863, con la Intervención Francesa, el gobierno liberal del Lic. Juárez, vino a menos, y el Colegio Militar se distinguió en todos los hechos de armas sucedidos en la defensa de la capital, pero al caer la plaza de Puebla en poder de los invasores, el gobierno se vio obligado a evacuar la Ciudad de México, así para el 23 de febrero de ese año se habían clausurado las labores del Colegio para que los alumnos pasaran al Ejército como Oficiales y cooperaran en la defensa de la Patria.
Así durante los años de 1863 a 1867, no existió dicho plantel, hasta que República triunfó sobre el efímero Imperio de Maximiliano y una vez que el Ejército Liberal volvió a la capital el 20 de junio de 1867, el Presidente Juárez por decreto del 7 de diciembre del año antes citado, ordenó la reapertura del Colegio Militar.