Al triunfo de la Revolución de Ayutla en 1857, llegó al poder una nueva generación de liberales, como lo fue: Benito Juárez, Melchor Ocampo, Ignacio Ramírez, Miguel Lerdo de Tejada y Guillermo Prieto, que ejercieron presión en el ámbito político pero que la Junta Gubernativa decidió nombrar como presidente interino al General Juan N. Álvarez y después a Ignacio Comonfort, quien aprovecho para expedir leyes que otorgaban abierta intervención a los bienes de la Iglesia, sobre todo en apoyo de la Ley Lerdo.
Esta situación produjo una controversia en la que las autoridades eclesiásticas expusieron sus puntos de vista y condenaron la promulgación de la Constitución de 1857 y las leyes que se tornaban reformistas y afectaban directamente sus intereses. Al conjunto de Leyes que fueron proclamadas hasta el 6 de septiembre de 1860, por el presidente Juárez, se les llamaron Leyes de Reforma.
El conjunto de esas leyes concluyeron con un proceso de más de cuarenta años, encaminado a limitar los privilegios del clero. Siendo los principales avances: la ley de nacionalización de los bienes eclesiásticos, la ley de matrimonio civil, la ley orgánica del registro civil y la ley sobre libertad de cultos que permitió que cada persona fuera libre de practicar y elegir el culto que deseará.
