Nació el 20 de junio de 1833, en la Ciudad de Matamoros, Tamaulipas, sus padres fueron Fernando González y Eusebia Flores. Los primeros años de su vida los pasó en el rancho El Mosquete, en Matamoros, Tamaulipas; al morir su padre regresó a su lugar de nacimiento, tiempo después falleció su madre y quedó al cuidado de un tío, con quien estuvo trabajando como comerciante.
En 1846, durante la intervención norteamericana en México, despertó su espíritu nacionalista y se unió a la Guardia Nacional para luchar contra los invasores. Demostró su habilidad en las armas y comenzó su ascenso en la carrera militar.
Posteriormente, en los años de 1853 a 1855 luchó bajo las órdenes del General Antonio López de Santa Anna.
Participó activamente en la Guerra de Reforma dentro del bando conservador. Durante el año de 1861, Benito Juárez decretó la Ley de Amnistía debido a la Segunda Intervención Francesa, por lo que Manuel González decidió aceptarla y luchar al lado de los republicanos. Fue asignado al Ejército de Oriente, al mando del General Porfirio Díaz, quien lo nombró Jefe de su Estado Mayor, participó en el sitio de Puebla y fue hecho prisionero junto al General Díaz. Desde ese momento ambos cultivaron una profunda amistad.
En 1863, formó el 2/o. Cuerpo de Infantería “Tiradores de México” en Toluca, posteriormente logró la Toma del Mineral en Taxco. En 1866 junto al General Díaz, venció a los imperialistas en la Batalla de Miahuatlán. En 1867, participó en la toma del Cerro de San Juan, Pue. En el ataque de San Marcos, Oax., fue herido y perdió el brazo derecho.
El Presidente Benito Juárez, lo nombró Gobernador de Palacio Nacional y Presidente de la Junta de Opinión del Estado Mayor para condecoración de grados. En 1869 fue nombrado Comandante de la Plaza y quedó al mando de la 1/a. División del Ejército permanente. Fue Diputado por el Estado de Oaxaca.
En 1871, apoyó al General Díaz con el Plan de la Noria y se convirtió en el segundo al mando. En 1876 nuevamente Díaz se levantó en armas, esta vez contra el Gobierno del Presidente Sebastián Lerdo de Tejada, encabezando el Plan de Tuxtepec, por lo que el General González, se unió a la rebelión, al término fue nombrado Comandante Militar y Gobernador del Estado de Michoacán. Más tarde formó parte del gabinete del General Porfirio Díaz, al frente de la Secretaría de Guerra y Marina.
Al término de la gestión del Presidente Díaz, el General Manuel González, fue electo Presidente de la República para el periodo de 1880 a 1884, durante su gobierno continuó con la labor de consolidación de la paz iniciada por su antecesor, se dieron avances dentro de la infraestructura del país, se implantó el sistema métrico decimal, se restablecieron las relaciones con Inglaterra y durante este período se hicieron emisiones de monedas de níquel. Al término de su mandato presidencial, el General Manuel González, fue nombrado Gobernador de Guanajuato, cargo que ocupó hasta el día de su muerte en mayo de 1893.