En 2019, debido a las medidas de austeridad dictadas por el Ejecutivo Federal, el Instituto enfrentó una importante reducción presupuestal, que se vio reflejada también en su plantilla laboral. Ese año contó con el menor presupuesto fiscal desde su creación, que fue 32% menor al de 2018. Esta reducción presupuestal obligó a cancelar 46 plazas de mandos y enlaces especializados y altamente calificados, lo que hizo necesaria una reestructuración funcional y la modificación del Estatuto Orgánico del Instituto, así como la búsqueda de recursos económicos adicionales, de fuentes externas, para dar cumplimiento a sus obligaciones establecidas en la Ley General de Cambio Climático (LGCC), su Estatuto Orgánico y su Programa Institucional.
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