La Fiscalía Especializada en Materia de Derechos Humanos tiene como objetivo dictar medidas y lineamientos que permitan verificar y vigilar que la actuación sustantiva de la Institución se apegue a los derechos humanos y garantías individuales que señala la Constitución, así como fijar las políticas de atención a las víctimas u ofendidos por la comisión de delitos federales y promover la participación ciudadana que apoye a las funciones institucionales.​​​​
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Entre sus principales funciones se encuentra:

 

    • Conducir y evaluar las actividades de las Unidade​​s Responsables sobre la protección de los derechos humanos, seguimiento de recomendaciones, atención a víctimas, prevención del delito y servicios a la comunidad, con el propósito de determinar con la oportunidad debida, las medidas correctivas y/o preventivas que procedan;
    • Dictar, conforme a la normatividad aplicable y las políticas que emita el Procurador, las medidas que permitan fortalecer mecanismos de cooperación y colaboración con autoridades federales, estatales y municipales, que propicien una procuración de justicia oportuna eficaz, extensiva a todo el territorio nacional y con estricto apego a los derechos humanos;
    • Emitir, previa autorización del Procurador, las normas de carácter general y demás disposiciones que apoyen el funcionamiento y operación de la Subprocuraduría y Unidades Administrativas adscritas;
    • Autorizar los dictámenes técnicos sobre violaciones a los derechos humanos en las actuaciones ministeriales e informar a las Unidades Administrativas sobre las observaciones y sugerencias para que se solventen a la brevedad;
    • Intervenir dentro del ámbito de su competencia, en el ejercicio de las facultades que, en su carácter de agente del Ministerio Público de la Federación, le confiere el artículo 4o. de la Ley Orgánica de la Procuraduría General de la República;
    • Precisar acciones para detectar las necesidades de capacitación, difusión y fomento en los servidores públicos de la Institución, de la cultura de los derechos humanos, así como atender con apego a la normatividad aplicable, las quejas que presente la ciudadanía o las que se deriven de visitas de inspección;
    • Disponer la difusión de leyes y tratados nacionales e internacionales que protejan los derechos humanos, que promuevan su debido respeto en toda actuación ministerial, policial y pericial;
    • Instruir el debido cumplimiento de los preceptos que señala la Comisión Nacional de los Derechos Humanos, así como la atención y seguimiento de las medidas cautelares​ que la misma solicite;​​
    • Instruir que se elaboren los informes sobre los casos de probable responsabilidad penal o administrativa, para que se integre la averiguación previa y consignación respectiva por actos violatorios de los derechos humanos de los servidores públicos e informar con la oportunidad debida, al Organo Interno de Control y a la Visitaduría General;
    • Precisar acciones de seguimiento de las amigables conciliaciones, así como de requerimientos, visitas, medidas cautelares y recomendaciones que turnen a la Institución, organismos nacionales e internacionales;
    • Instruir a la Unidad responsable de la evaluación de la problemática que presenta cada víctima u ofendido por la comisión de delitos federales, sobre su atención médica, psicológica, tutelar y preventiva, y en su caso, la canalización a otras dependencias u organismos públicos y privados, que le permitan resarcir el daño que se causó;
    • Determinar políticas sobre la asesoría y orientación que se proporcione a los ofendidos y afectados por la comisión de delitos federales, para que, con apego a la normatividad aplicable, soliciten ante las instancias competentes, la reparación de los daños y perjuicios;
    • Requerir de las áreas competentes, los informes de evaluación del sistema de registro y control de las víctimas de delitos federales y sus familiares, así como precisar los criterios para su consulta y uso;
    • Establecer las políticas y criterios que dicte el Procurador, en lo referente a la promoción y difusión de acciones de prevención del delito y los servicios que proporciona la Institución a la sociedad;
    • Instruir lo conducente para que, en las Delegaciones Estatales, se promueva una cultura de prevención de los delitos federales y la participación ciudadana en programas preventivos y de colaboración en las funciones institucionales;
    • Determinar la suscripción de convenios de coordinación y colaboración con dependencias y entidades federales, estatales y municipales, que propicien los trabajos comunitarios para prevenir el delito federal, así como aquellos que promuevan el fácil acceso de la sociedad a los servicios institucionales en materia de procuración de justicia;
    • Evaluar la atención de las propuestas de conciliación y las recomendaciones que formule la Comisión Nacional de los Derechos Humanos e instruir su efectivo control y seguimiento, hasta su resolución;
    • Participar con otras instituciones y organismos públicos y privados, en foros nacionales e internacionales sobre derechos humanos, atención a víctimas y prevención del delito, que permitan el intercambio de información y establecer criterios de acción, colaboración y cooperación
    •  Definir lineamientos y políticas de colaboración en las investigaciones, resoluciones y seguimiento de las quejas que presente la Comisión Nacional de los Derechos Humanos, así como disponer las facilidades necesarias para las visitas de inspección a las áreas sustantivas y lugares de detención de reos, que requieran realizar sus representantes