El Sistema Federal Sanitario esta conformado por la COFEPRIS y las autoridades equivalentes u homólogas en las entidades federativas con las que se haya suscrito un Acuerdo de Coordinación para el Ejercicio de Facultades en Materia de Regulación, Control y Fomento Sanitarios.

Se integró con el objeto de organizar y armonizar en toda la República Mexicana las acciones de control y fomento sanitarios que de manera coordinada y como autoridades sanitarias ejercen la Federación y las entidades federativas en materia de salubridad general, y que son reguladas a nivel nacional por la Secretaría de Salud, a través de la COFEPRIS, en los términos de los artículos 3º fracciones I, IX, XV, XVI, XXII, XXIII, XXIV, XXV, XXVI y XXVII, 13, Apartado A), fracción II, y 18, en relación con lo dispuesto por los artículos 17 bis, 17 bis 1 y 17 bis 2 de la Ley General de Salud y 17 del Reglamento de la Comisión Federal para la Protección contra Riesgos Sanitarios.

El Sistema Federal Sanitario se estructura con políticas regulatorias y no regulatorias, vínculos a nivel nacional e internacional a través de las áreas de Protección contra Riesgos Sanitarios y los Laboratorios Estatales de Salud Pública y de la COFEPRIS, como se presenta en el siguiente esquema:​

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Directorio del Sistema Federal Sanitario

http://www.gob.mx/cofepris/documentos/directorio-del-sistema-federal-sanitario-2018