Integrar el ejercicio coordinado de las atribuciones competencia de la COFEPRIS con las de las autoridades competentes en las entidades federativas, en el marco de un desarrollo eficaz y congruente que propicie el cabal cumplimiento de lo dispuesto por la Ley General de Salud y demás disposiciones aplicables;
 
Unificar los criterios para la sistematización de la protección contra los riesgos sanitarios entre los sectores público, privado y social en los tres órdenes de gobierno;
 
Diseñar e instrumentar los mecanismos administrativos para armonizar los estándares de desempeño en el marco de una estructura por procesos, que permitan evaluar y dar seguimiento a los resultados de los niveles de protección y prevención de riesgos sanitarios alcanzados con la instrumentación de las acciones de fomento, regulación, vigilancia y control promovidos por la COFEPRIS;
 
Coordinar las acciones necesarias para dar cumplimiento a lo establecido en la Ley General de Salud, en materia de protección contra riesgos sanitarios;
 
Establecer las prioridades, proyectos e indicadores para la atención de necesidades de la población en materia de protección contra riesgos sanitarios.
 

Funcionamiento

 
El Sistema Federal Sanitario funciona regionalizado, como se muestra en el esquema siguiente:
 
Se rige por criterios para la participación de las entidades federativas en el ejercicio de Facultades en Materia de Control y Fomento Sanitarios.​
Estos son:
 
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Criterio 1: Exclusividad de COFEPRIS
 
Respecto al trámite:
La recepción, verificación, dictamen y resolución del mismo, lo realizará en su totalidad la COFEPRIS.
En cuanto a la Vigilancia Sanitaria regular:
Las visitas de verificación, dictamen, notificación, seguimiento de corrección de irregularidades, resolución y en su caso seguimiento jurídico, las realizará la COFEPRIS.
 
Criterio 2: Ejercicio en coadyuvancia
 
En cuanto a la Vigilancia Sanitaria regular:
Las visitas de verificación y seguimiento de corrección de irregularidades las realizarán las entidades federativas bajo las políticas, lineamientos y procedimientos que emita la COFEPRIS.
El dictamen, notificación, resolución y en su caso seguimiento jurídico lo realizará la COFEPRIS.
 
Criterio 3: Ejercicio en concurrencia
 
Respecto al trámite:
La recepción, verificación, dictamen y resolución del mismo, lo realizarán en su totalidad las entidades federativas de acuerdo con las políticas, lineamientos y procedimientos que le notifique la COFEPRIS.
En cuanto a la Vigilancia Sanitaria regular:
Las visitas de verificación, dictamen, notificación, seguimiento de corrección de irregularidades, resolución y en su caso seguimiento jurídico, lo realizarán las entidades federativas, de acuerdo con las políticas, lineamientos y procedimientos que le notifique la COFEPRIS.