Desde antes de que se firmara el Tratado de Aguas de 1944, la Sección Mexicana estableció en Mexicali, Baja California, una oficina para la investigación y recopilación de la información sobre el Río Colorado necesaria para la negociación del Tratado. Actualmente esta oficina tiene a su cargo la operación de la Presa Morelos, la cual fue la primera estructura derivación construida bajo el Tratado que incluye todos los aspectos relacionados con la hidrometría, contabilidad y calidad de las aguas que México recibe del Río Colorado, así mismo, la supervisión de los proyectos relacionados con los problemas internacionales de saneamiento de Mexicali y la atención de los asuntos que surgen en la línea divisoria terrestre en la región, así como la representación institucional de la Comisión.

De lo anterior, el control diario de las aguas asignadas a México por el Tratado de Aguas de 1944, mediante la operación y mantenimiento de la Presa Morelos, la problemática del Río Colorado que incluye aspectos tales como la observación de la salinidad de las aguas que se entregan a México, la conducción y la remoción de azolves del tramo internacional del Río Colorado, la protección del Delta del Río Colorado y el proyecto propuesto por los Estados Unidos de revestir una porción del Canal Todo Americano, son los temas que demandan en mayor medida la atención de esta Representación. Adicionalmente, lleva a cabo trabajos de demarcación de la línea divisoria internacional en los cruces internacionales de la zona, así como el mantenimiento de los monumentos internacionales que demarcan la frontera entre ambos países.

Para la atención de proyectos la jurisdicción de esta oficina comprende de Tecate, B.C. a Sonoyta, Son.

La oficina esta actualmente a cargo del Ing. Francisco Bernal Rodríguez.

Sus oficinas están ubicadas en Av. Madero 1401 y Calle F, C.P. 21100, 2da Sección.