Durante el movimiento de Independencia, mediante el Decreto Constitucional para la Libertad de la América Septentrional de 22 de octubre de 1814, sancionado en Apatzingán, Michoacán, se instituyó en su artículo 134 la Secretaría de Guerra. Posteriormente, al triunfo de la Independencia, el Reglamento para el Gobierno Interior y Exterior de las Secretarías de Estado y del Despacho Universal, del 8 de noviembre de 1821, creó la Secretaría de Estado de Guerra y Marina.

Con la Constitución Federal de los Estados Unidos Mexicanos de 1824, se instituyó un Gobierno Republicano, Representativo y Federal, compuesto por Estados Libres y Soberanos en cuanto a su régimen interior, separándose por primera vez, los Supremos Poderes Federales en Ejecutivo, a cargo del Presidente de la República y un Vicepresidente; el Legislativo, del Congreso General; y el Judicial, de la Suprema Corte de Justicia, subsistiendo la Secretaría de Estado de Guerra y Marina.

Las Leyes Constitucionales del 29 de diciembre de 1836, establecieron un régimen centralista, con una nueva organización política en el país. La Cuarta Ley, artículo 28, relativo a la organización del Supremo Poder Ejecutivo, creó el Ministerio de Guerra y Marina, determinación jurídica que fue ratificada el 13 de junio de 1843, en las Bases de Organización Política de la República Mexicana. 

Reestablecido el Federalismo en 1846, se restauró la vigencia de la Constitución de 1824 y el 22 de abril de 1853, se expidieron las Bases para la Administración de la República hasta la Promulgación de la Constitución, figurando en su artículo primero, el Ministerio de Guerra y Marina, ratificando esta disposición, en el artículo 86 del Estatuto Orgánico Provisional de la República, expedido el 25 de mayo de 1856.

No obstante la promulgación de la Constitución Política de la República de 1857, que restauró constitucionalmente el federalismo en el país, el Ministerio conservó su denominación y no fue hasta el 23 de febrero de 1861, que, con el Decreto sobre la Distribución de los Ramos de la Administración Pública, cambió su denominación por el de Secretaría de Estado y del Despacho de Guerra y Marina, situación que se mantuvo hasta la promulgación del Decreto del 16 de abril de 1861, que la denominó Secretaría de Guerra y Marina, reiterando su existencia los Decretos del 12 de junio y 16 de diciembre del mismo año, 13 de mayo de 1891 y 3 de diciembre de 1913.

A partir de la promulgación de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos de 1917, los Decretos del 14 de abril y 31 de diciembre del mismo año, así como los del 6 de abril de 1934 y 31 de diciembre de 1935 ratifican la existencia de la Secretaría de Guerra y Marina.

Cambia su denominación por la de Secretaría de la Defensa Nacional, según el Decreto publicado el 1/o. de noviembre de 1937 y por disposición jurídica de 30 de diciembre de 1939 se creó el Departamento Autónomo de Marina Nacional, separando esas funciones de la Secretaría. Los Decretos de 1939, 31 de diciembre de 1940, 21 de diciembre de 1946 y 24 de diciembre de 1958, así como el del 29 de diciembre de 1976 que promulga la nueva Ley Orgánica de la Administración Pública Federal, ratifica su competencia y denominación como Secretaría de la Defensa Nacional.

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