Las funciones que desarrolla la Sección Mexicana de la Comisión Internacional de Límites y Aguas entre México y Guatemala, encuentran su antecedente más remoto en la ley del 23 de febrero de 1861, en la que se encomienda a la Secretaría de Relaciones Exteriores lo relativo a los límites de la República.

En ese contexto, la Secretaría de Relaciones Exteriores presentó a la Cámara de Diputados, el 29 de abril de 1871, una iniciativa relativa a la erogación necesaria para el pago de la Comisión que se debería nombrar para la fijación de los límites entre México y Guatemala. En el ámbito bilateral, mediante nota diplomática del 6 de octubre de 1873, se invita al Gobierno de Guatemala a designar un representante plenipotenciario para iniciar las negociaciones y a nombrar una comisión científica que obtuviera la información necesaria para que los plenipotenciarios de ambos países pudieran contar con todos los datos requeridos para resolver al respecto.

Durante las negociaciones, se planteó la necesidad de contar con la información que podía proporcionar una Comisión bilateral que, mediante estudios "in situ", estableciera con precisión los puntos geográficos por donde podía pasar la línea divisoria en un tratado de límites. Con este fin, el 7 de diciembre de 1877 México y Guatemala firmaron una Convención preliminar sobre límites, mediante la que se acuerda enviar una Comisión mixta de Ingenieros "... a efecto de que practique sobre el terreno los reconocimientos científicos convenientes y proporcione a ambos Gobiernos un dato común y exacto sobre el cual puedan basar sus ulteriores negociaciones". El canje de las ratificaciones de esta Convención fue el 4 de julio de 1878 y cabe recordar que la Sección Mexicana de la Comisión Mixta se denominó "Comisión Mexicana de Reconocimiento de la frontera entre México y Guatemala".

Después de años de negociaciones entre México y Guatemala, el 27 de septiembre de 1882, se firmó el Tratado de Límites, el cual, en su artículo IV, estableció que para trazar la línea divisoria con la precisión debida en mapas fehacientes y establecer sobre el terreno monumentos que pusieran a la vista los límites de ambos países, según quedaron descritos en el propio tratado, cada uno de los dos gobiernos nombraría una Comisión científica para que actuaran de común acuerdo. Asimismo, se señala que el resultado de los trabajos convenido por las Comisiones, se consideraría parte del tratado. En el caso mexicano la comisión se denominó "Comisión Mexicana de Límites".

El 2 de abril de 1899, se firmó la carta general internacional de la línea divisoria entre México y Guatemala, donde se registró la información obtenida en el terreno, con lo que, aunado al canje de datos relativos efectuado el 3 de mayo del mismo año, se tuvo por cumplido en todas sus partes el Tratado de Límites del 27 de septiembre de 1882 y el protocolo respectivo del 14 de septiembre de 1883. Por tal motivo, el Gobierno mexicano tuvo a bien declarar concluidos los trabajos de la "Comisión Internacional de Límites entre México y Guatemala" el 20 de mayo de 1899.

Durante los citados trabajos, la Comisión Mexicana de Límites inició la elaboración de copias de las cartas geográficas internacionales en formatos más accesibles y tomó muchos datos útiles para la geografía del país, de los estados de Chiapas, Tabasco y Campeche, por lo que se creó el 1º de julio de 1899 una nueva Comisión Mexicana para que aprovechara y completara la información disponible, funciones que concluyeron en 1901.

En 1930, al constatarse que la brecha en la línea divisoria internacional al norte del Petén, había desaparecido totalmente, el Gobierno mexicano propuso al guatemalteco el establecimiento de una comisión mixta con la finalidad de que revisara esa zona, reparara los monumentos dañados y abriera una brecha entre ellos. En ese contexto, el Gobierno de Guatemala informó que efectuaría una inspección del estado en que se encontraban los monumentos en la línea divisoria al norte del Petén e invitó al Gobierno de México para que se llevaran a cabo esos trabajos conjuntamente. Una vez aceptada la propuesta guatemalteca, la comisión mixta inició sus trabajos el 26 de octubre de 1938.

El 28 de marzo de 1941, las dos Secciones firmaron el acta de la Comisión en la que se asentaron los resultados de los trabajos efectuados en la zona de la línea divisoria terrestre al norte del Petén, construyéndose nuevos monumentos en mayor número. Posteriormente, se acordó continuar los trabajos en el resto de la línea divisoria terrestre al norte del tramo internacional del río Usumacinta, distribuyéndose las áreas de trabajo con extensiones semejantes y estableciéndose desmontar cada tres años la brecha fronteriza y un área circular alrededor de los monumentos a manera de plazoletas. Un sobrevuelo efectuado por los Comisionados de ambos países el 1º de marzo de 1949, mostró que se había regularizado el desmonte de la brecha fronteriza y de las plazoletas correspondientes en esa zona.

En 1950, se iniciaron las exploraciones para la identificación de los monumentos internacionales en la línea divisoria al sur del río Usumacinta, encontrándose que existía la mayoría de los monumentos, aunque algunos en muy mal estado. Los trabajos de limpieza de la brecha y reconstrucción de los monumentos dieron inicio en 1953 y fueron concluidos bajo la competencia de la actual Comisión Internacional de Límites y Aguas entre México y Guatemala.

Con respecto a la frontera fluvial, en el "Modus vivendi entre los Estados Unidos Mexicanos y la República de Guatemala con relación al puente internacional sobre el río Suchiate", firmado el 3 de noviembre de 1942, al indicar que el puente de madera era provisional, ambos Gobiernos convinieron en integrar una Comisión Mixta de ingenieros que procedería inmediatamente a proyectar un puente definitivo. Al mismo tiempo, se encargaría de estudiar y proponer un sistema de obras de defensa en el río Suchiate, que permitiera el servicio ininterrumpido y más eficiente de los puentes internacionales, así como un plan de aprovechamiento equitativo de las aguas del mismo río.

El Gobierno mexicano nombró en 1958 al Comisionado de Límites con Guatemala, como su representante en la Comisión de ingenieros del río Suchiate, y reiteró la propuesta efectuada al Gobierno guatemalteco en 1955, de crear la Comisión Internacional de Límites y Aguas entre ambos países, que tendría una competencia más amplia.

En 1961 se creó la Comisión Internacional de Límites y Aguas, como consecuencia inmediata de las recomendaciones de la reunión internacional de ingenieros de México y de Guatemala llevada a cabo del 20 al 24 de febrero de 1961.

Así, la Comisión Internacional de Límites y Aguas entre México y Guatemala fue creada por Canje de Notas Diplomáticas fechadas el 9 de noviembre y 21 de diciembre de 1961, quedando formalmente instalada el 1º de agosto de 1962, mediante el Acta de inauguración celebrada en la Ciudad de Tapachula, Chiapas.

El Tratado para fortalecer la Comisión Internacional de Límites y Aguas firmado el 17 de julio de 1990, fue aprobado por el H. Congreso de la Unión y publicado en el Diario Oficial de la Federación el 15 de agosto de 1991. El 5 de marzo del año 2003, se publicó en el Diario Oficial de la Federación el Decreto Promulgatorio de dicho Tratado, con lo cual ha entrado en vigor en los Estados Unidos Mexicanos. Por su parte, el 27 de septiembre del año 2002, se publicó en el Diario Oficial de Guatemala el Decreto Número 54-2002, que aprobó el Tratado, mismo que ha entrado en vigor en la República de Guatemala.