En los primeros meses de la recién erigida República, el ministro de Relaciones Interiores y Exteriores, Lucas Alamán, estableció el Archivo General y Público de la Nación en el local existente en Palacio Nacional. Ahí fueron concentrados los documentos y expedientes de la antigua Secretaría de Cámara del Virreinato. La idea de organizar un repositorio así se había planteado durante la gestión del virrey Juan Güemes Pacheco y Padilla, segundo conde de Revillagigedo. Fue Alamán quien la concretó y, además, le dio carácter público para hacer posible su consulta a la ciudadanía, pues hasta entonces solo servía a los funcionarios de gobierno.
Uno de los objetivos primordiales era la preservación de los papeles de la dominación española para fuente de investigaciones históricas, así como la correcta administración de la documentación que el gobierno de México como nación recién independizada comenzaba a generar.
El AGPN estuvo alojado en la planta baja de la crujía sur, con acceso por el Patio de Honor. Más tarde se extendió al entrepiso con ventanas hacia la actual calle de Corregidora. En 1840, durante el levantamiento federalista contra el presidente Anastasio Bustamante, los federalistas entraron al local del Archivo donde usaron los legajos como barricadas y dispararon contra las tropas que ocupaban la vecina Plaza del Volador; el acervo sufrió pérdidas.
A pesar de haberse ampliado y contar con 2,200 metros cuadrados, el Archivo General de la Nación no tenía posibilidades de continuar su correcta operación en Palacio Nacional, por lo que se proyectó la construcción de un edificio especial para su adecuado funcionamiento hacia 1964. Sin embargo, antes de que este se pudiera realizar, la construcción del Sistema de Transporte Colectivo Metro causó serios daños en los edificios de Palacio. En 1970 fueron movidos miles de documentos para evitar mayores deterioros. Finalmente, entre 1974 y 1976, el Archivo General de la Nación fue trasladado al Palacio de Comunicaciones, hoy Museo Nacional de Arte, en la calle de Tacuba.
“Vista del lado Sur del Palacio Nacional, la parte más antigua que queda de este edificio; ahora pertenece a oficinas del Archivo General”, tomada del libro: Artemio de Valle-Arizpe, El Palacio Nacional de México.