El concepto de presunción de inocencia es tan antiguo como la humanidad y ha ido evolucionando de manera simultánea con la ciencia jurídica. Sus orígenes se remontan a la época del gran Imperio Romano (Derecho Romano); sin embargo, con la aparición de la Santa Inquisición se dejó a un lado, gracias a que el sistema jurídico de la Iglesia Católica estaba más relacionado en que la duda era considerada un sinónimo de culpabilidad.
Posteriormente, este derecho se retomaría por allá de 1789 cuando el Rey Luis XVI aceptó la Declaración de los Derechos del Hombre y del Ciudadano, adoptado por la Asamblea Nacional Constituyente de Francia. Cabe mencionar que este derecho vuelve a aparecer en el siglo XX en la Declaración Universal de los Derechos Humanos (1948) y en el Pacto Internacional de Derechos Civiles y Políticos (1976).
En nuestro país el primer antecedente aparece en la Constitución de Apatzingán (1814); sin embargo, al no ser reconocida no tuvo trascendencia este derecho y en las Constituciones siguientes (incluida la de 1917) no se tomó en cuenta.
Actualmente, la presunción de inocencia es un componente clave del Sistema de Justicia Penal, siendo un derecho primordial dentro de los procesos penales. Fue instaurado gracias a la Reforma del 18 de julio de 2008. El propósito de este derecho es garantizar una protección especial a las y los ciudadanos que están enfrentando procesos penales.
Respetar el principio de presunción de inocencia es una obligación que debe de tener toda autoridad.