Así como ejercer estrecho control sobre la operación ministerial de las Delegaciones Estatales.​​
Tiene entre sus funciones:

  • Instruir, de manera conjunta con las demás autoridades que tengan competencias afines, la persecución de los delitos federales, ejercer la acción penal ante el órgano jurisdiccional, restituir provisionalmente la libertad e impugnar las resoluciones judiciales, cuando así proceda;
  • Determinar y autorizar, con base en el dictamen jurídico que emita el Ag​ente del Ministerio Público de la Federación auxiliar de la Procuradora, el no ejercicio de la acción penal, salvo en las averiguaciones previas que estén a cargo de los titulares de las Delegaciones Estatales;​
  • Dictar las medidas que permitan fortalecer mecanismos de cooperación y colaboración con autoridades federales, estatales y municipales, conforme a la normatividad aplicable y las políticas que emita el Procuradora, para propiciar una procuración de justicia oportuna, eficaz y extensiva a todo el territorio nacional;
  • Resolver sobre la formulación de conclusiones no acusatorias y conducir los trabajos de desahogo de las previsiones que la autoridad judicial acuerde en los términos legales correspondientes, asimismo, respecto de la omisión de formular conclusiones o las que tienen como consecuencia el sobreseimiento, así como de cualquier incidente procesal que tenga como resultado la libertad absoluta del inculpado, antes de que se dicte sentencia;
  • ​Disponer con apego a las disposiciones aplicables, la notificación a la víctima u ofendido de delito, del no ejercicio de la acción penal en contra del o los inculpados;
  • Proponer a la C. Procuradora, previo dictamen jurídico que resulte del análisis de la legislación y normatividad en materia de procuración de justicia federal, anteproyectos de iniciativas de leyes, tratados, decretos, reglamentos y demás instrumentos que apoyen a la función ministerial, policial y pericial para que se simplifique, mejore y sea oportuna;
  • Representar y defender ante autoridades federales y locales, según sea el caso, los intereses de la sociedad, Federación e Institución, sin menoscabo de la autoridad correspondiente;
  • Proponer a la Procuradora, medidas normativas y procedimientos innovadores, que permitan uniformar criterios de acción ministerial, de policía y pericial en los procesos penales federales y de amparo que se promuevan;​​
  • Planear y conducir la defensa de la Federación y la Institución, ante autoridades jurisdiccionales, en las controversias y negocios que éstas sean parte o tengan interés jurídico y ordenar en su caso, se proporcione el apoyo que requieran las Delegaciones Estatales en materia ministerial;
  • Dirigir acciones de vigilancia sobre el cumplimiento de la Carta Magna, en materia de respeto de las garantías individuales y protección de los derechos humanos, en todos los lugares de detención, prisión y reclusión de reos;
  • Requerir a diversas Unidades Administrativas de la Institución, los informes que apoye su operación, sobre averiguaciones previas, actuaciones ministeriales, control de procesos penales y de juicios de amparo, para intercambiar información;
  • Conducir y evaluar las actividades de la Coordinación General de Delegaciones, las Delegaciones Estatales y las Unidades Administrativas que tienen adscritas, con el propósito de determinar con la oportunidad debida, las medidas correctivas y/o preventivas que procedan.

Se compone de las siguientes direcciones generales:

 

Organigrama SCRPPApng

De acuerdo al Plan Nacional de Desarrollo 2013-2018 la subprocuraduría de Control Regional, Procedimientos Penales y Amparo tiene, junto con toda la Institución, como meta nacional el:​

​Objetivo 1.4. Garantizar un Sistema de Justicia Penal eficaz, expedito, imparcial y transparente.

El Sistema de Justicia Penal vigente en México hasta 200​8 mostró deficiencias en su capacidad para cumplir su principal finalidad: procurar e impartir justicia de manera pronta, expedita e imparcial. La problemática estructural de ese Sistema, caracterizada por prácticas de corrupción, faltas al debido proceso, opacidad, saturación, dilación, una defensoría pública rebasada y una deficiente vinculación entre policías y el Ministerio Público, se tr​adujo en violaciones a los derechos humanos, en la ineficacia de la función persecutoria de los delitos y en la falta de respeto al principio de presunción de inocencia. Todo ello vulneró el Estado de Derecho y provocó que, en ocasiones, actos ilícitos quedaran impunes. 

Para hacer frente a esta problemática, en junio de 2008 se publicó en el Diario Oficial de la Federación la Reforma Constitucional en materia de Seguridad y Justicia. Una de las finalidades de la reforma fue modernizar el Sistema de Justicia Penal de manera integral, ajustándolo a los principios de un Estado democrático y a los instrumentos internacionales suscritos por México. La reforma al Sistema de Justicia transformará el desempeño de las policías, ministerios públicos, juzgadores, defensoría pública, abogados y de todos los involucrados en procurar e impartir justicia, así como en ejecutar las sanciones penales en beneficio de la sociedad.

De cara al nuevo Sistema de Justicia Penal Acusatorio, la Procuraduría General de la República (PGR) a través de la Subprocuraduría de Control Regional, Procedimientos Penales y Amparo (SCRPPA), ha impartido con coordinación de la Dirección General de Formación Profesional de la institución cursos de capacitación a agentes del Ministerio Público de la Federación, peritos e investigadores de la Agencia de Investigación Criminal (AIC) y Oficiales Ministeriales, con la finalidad de profesionalizarlos en materia de justicia penal.

Con estas acciones se busca que los participantes identifiquen su papel dentro del nuevo Sistema de Justicia Penal Acusatorio, además de enriquecer sus conocimientos para lograr una implementación exitosa del nuevo modelo de justicia.
Quejas y denuncias respecto a posibles delitos federales e irregularidades cometidas por servidores públicos