El Cambio Climático además de exacerbar las enfermedades transmitidas por vectores, puede también aumentar la frecuencia de enfermedades transmitidas por el agua. El aumento en la frecuencia y duración de sequías e inundaciones pueden afectar y disminuir el acceso a fuentes seguras de agua potable. A esto debemos agregar que la falta del vital líquido durante una sequía interfiere con una higiene adecuada.
Las inundaciones pueden afectar los desagües y otras fuentes de microorganismos patógenos incrementando así la frecuencia de enfermedades diarreicas. Sin embargo, aquí también es difícil predecir los impactos potenciales del Cambio Climático sobre las enfermedades relacionadas con el agua, ya que el acceso a una fuente de agua sana depende principalmente de factores socio-económicos.