Los métodos estandarizados que el LCR utiliza para la calificación de la calidad de las semillas son los siguientes:
International Seed Testing Association (ISTA). Es la asociación encargada de desarrollar y estandarizar normas internacionalmente para el muestreo y los ensayos de semillas, acredita laboratorios, promueve la investigación, proporciona certificados, otorga capacitación en análisis de semillas y difunde el conocimiento en ciencia y tecnología de semillas. Una de las actividades relevantes que realizan los laboratorios acreditados es el Proficiency Test Programme, o pruebas de aptitud en los ensayos, el cual consiste en el envío de muestras por parte de la ISTA para ser analizadas. Los laboratorios participantes son evaluados según los resultados que emitan. El LCR participa en el Proficiency Test Programme desde el 2009, obteniendo resultados satisfactorios.
Association of Official Seed Analysts (AOSA). Asociación de origen estadunidense, dedicada a desarrollar y publicar protocolos de pruebas de semillas, la diferencia principal con los protocolos de la ISTA, es que son utilizados principalmente en los Estado Unidos de América, además de incluir algunas especies que no se encuentran en las reglas ISTA. Sin embargo, el LCR consiente de la necesidad de una amplia gama de posibilidades utiliza las reglas AOSA a solicitud de los usuarios o cuando la especie a analizar no se encuentra en las reglas ISTA.
Métodos desarrollados por el LCR. Debido a la gran diversidad de especies de plantas que hay en México, es común tener semillas de especies que no se incluyen en las reglas de la ISTA o la AOSA, es por ello que el LCR desarrolla los protocolos según las especies de semillas que son enviadas para su análisis, lo anterior, a través de la estandarización de dichos procedimientos.
Normas Mexicanas. Debido a que el LCR también realiza calificación de calidad física en granos, utiliza las normas mexicanas según corresponda al tipo de grano.