La baciloscopia sigue siendo la técnica de elección para confirmar los casos infecciosos (pulmonares).
Baciloscopía por centrifugación
No hay suficiente evidencia de que las muestras procesadas (concentradas por centrifugación) proporcionen mejores resultados que la BK convencional.
Por lo que no se recomienda su implementación.
Microscopía de fluorescencia
Usa lámparas de cuarzo-halógeno o mercurio de alta presión como fuentes de luz. Requiere un objetivo de menor poder (40X) para la lectura.
Se considera 10% más sensible que la BK convencional, pero es más costosa y requiere personal  experimentado.
Se recomienda para laboratorios con elevada carga de muestras.