Misión: Ser una instancia rectora y de coordinación de la respuesta nacional al VIH e ITS con base en evidencia científica y en apego a la normatividad con respeto a los derechos humanos, la diversidad y la perspectiva de género.
Visión: Lograr una tendencia sostenida en la disminución de la incidencia de Infección por VIH y de ITS, la eliminación de la transmisión vertical del VIH y sífilis; así como una óptima calidad de vida de las personas afectadas por el VIH e ITS.
Valores: El Centro Nacional para la Prevención y el Control del VIH/SIDA, hace suyo el "Decálogo" de valores de la Secretaría de Salud, que fundamentan el código de conducta del personal de la misma Secretaría consistentes en:
  1. Respeto
  2. Responsabilidad
  3. Colaboración
  4. Compromiso
  5. Vocación de Servicio
  6. Orgullo
  7. Atención
  8. Calidad
  9. Innovación
  10. Eficiencia, Eficacia y Efectividad