Asimismo, el INIFAP cuenta con cinco Centros Nacionales de Investigación Disciplinaria (CENID´S), que se caracterizan por su alto grado de especialización en una disciplina en particular. En estos centros se concentra personal científico especializado a nivel nacional, quienes generan conocimientos y metodologías de punta.

He aquí ejemplos, por citar sólo algunas regiones, de los trabajos realizados en estos centros y que han impactado positivamente en el desarrollo rural:

Centro de Investigación Regional del Noroeste (CIRNO), desarrolla proyectos que fomenten la productividad del sector agropecuario y forestal a través de la generación de conocimientos, adopción de tecnología, y la formación de recursos humanos al servicio de productores, académicos, estudiantes, técnicos, empresas y público interesado.

Campo Experimental Valle de México (CEVAMEX), se estudian las cadenas agroalimentarias de los principales cultivos de maíz, frijol, trigo, avena para promover su movilización a mayores niveles de producción y de estabilidad ecológica. Una parte fundamental, ha sido la preservación de los recursos genéticos, forestales y transferencia de tecnología avícola y bovinos.

En el Centro de Investigación Regional del Sureste (CIRSE) los principales sistemas producto sobre los que se realiza investigación son: chile habanero, maíz, frutales tropicales, hortalizas, estevia, cítricos, arroz, cocotero, jatropha y caña de azúcar. En el sector pecuario: bovinos carne, bovinos leche, bovinos doble propósito, abejas–miel, ovinos y pastizales y recursos forrajeros.