Como parte de las innovaciones propuestas por México, por primera vez en la historia del CDB, el Segmento de Alto Nivel (SAN) fue previo a la Conferencia de las Partes, contó con la presencia de 382 participantes, incluidos ministros y viceministros, 250 representantes de alto nivel de los sectores sectores agrícola, forestal, pesquero y turismo, además del ambiental, así como de organizaciones nacionales e internacionales, autoridades locales y subnacionales, el sector privado, jóvenes, pueblos indígenas y las comunidades locales.
El SAN se realizó los días 2 y 3 de diciembre de 2016 y fue inaugurado y presidido por el Secretario Rafael Pacchiano Alamán, Titular de la Secretaría de Medio Ambiente y Recursos Naturales (SEMARNAT), quién en su declaración de inauguración destacó la singular pluralidad de sectores representados en la reunión, y consideró los vínculos entre la acción sobre la biodiversidad y el cambio climático, así como la importancia de la biodiversidad para el cumplimiento de la Agenda 2030 para el Desarrollo Sostenible.