En 1997, Aeropuertos y Servicios Auxiliares firmó un convenio de colaboración con la Procuraduría Federal de Protección al Ambiente (PROFEPA), para integrar a los aeropuertos de la Red, las estaciones de combustibles y sus oficinas generales al Programa Nacional de Auditoría Ambiental.
Por medio de la auditoría ambiental voluntaria, ASA identifica las áreas de oportunidad en el desarrollo de sus procesos y actividades para prevenir, administrar y controlar el riesgo ambiental; ahorrar costos al consumir menos recursos; disminuir las tasas de generación de residuos y emisiones contaminantes al aire, agua y suelo; administrar los recursos naturales y establecer una cultura ambiental entre sus trabajadores; así como definir, a través de un Plan de Acción, las obras y actividades para dar cumplimiento a la normatividad y elevar su productividad y competitividad.
Los aeropuertos de la Red, las oficinas generales de ASA y 38 estaciones de combustibles están certificados ante la PROFEPA con el Certificado de Calidad Ambiental, los cuales tienen una vigencia renovable de 2 años, siempre que se mantengan o mejoren las condiciones de cumplimiento ambiental. Actualmente, ASA cuenta con un Nivel de Desempeño Ambiental 1 en 17 de sus aeropuertos, 38 estaciones de combustibles y oficinas generales.
Actualmente, ASA trabaja en la elaboración de un Sistema de Gestión Ambiental para alcanzar el Nivel de Desempeño Ambiental 2, con el objetivo y lograr la Excelencia Ambiental en sus instalaciones.