La cuestión de límites entre México y Belice inicia siendo ese país Colonia Británica. Después de seis años de negociaciones entre México y el Reino Unido, se firmó el Tratado Spencer-Mariscal, en el que México cedió a sus derechos de soberanía sobre Belice, mismo que dio lugar al Tratado de Límites firmado el 8 de julio de 1893 con el Reino Unido de la Gran Bretaña e Irlanda, en el que se establecieron los límites de nuestro país y la entonces Colonia llamada Honduras Británica.

En dicho Tratado de Límites no se estableció Comisión alguna que efectuara el trabajo del trazo de la línea divisoria en mapas fehacientes o que estableciera en el terreno monumentos que señalaran los límites de México y la entonces Honduras Británica.


El 7 de abril de 1897, se firmó la Convención Complementaria del Tratado del 8 de julio de 1893, a fin de asegurar la libre navegación de los buques de la marina mercante en las aguas territoriales de Honduras Británica, en la Bahía de Chetumal.


Las funciones que desarrolla la Sección Mexicana de la Comisión Internacional de Límites y Aguas entre México y Belize, encuentran su antecedente en el Acuerdo mediante el cual se creó la Comisión Binacional México-Belize de Límites y Cooperación Fronteriza, celebrado mediante Canje de Notas, fechadas en la Ciudad de México, el 15 de abril de 1991. Posteriormente, mediante Canje de Notas de fechas 6 de julio y noviembre de 1993, los gobiernos de México y Belice convinieron en extinguir dicha Comisión Binacional y crear en su lugar a la Comisión Internacional de Límites y Aguas entre México y Belize.