El 18 de marzo de 1825, al terminar el proceso histórico de la Guerra de Independencia (1810-1821), el primer presidente del México independiente, Guadalupe Victoria, decretó la creación del primer Museo Nacional Mexicano, antecedente del acervo. El 21 de noviembre de 1831 se decreta de forma oficial la creación del Museo Nacional de Historia.
Su primera sede fue el salón de la Universidad Nacional y Pontificia. Para conformar su colección de historia natural se reunieron donaciones de particulares como rocas, conchas, madera y semillas provenientes de distintas zonas del país.
Con la llegada del Segundo Imperio, y la inestabilidad política y social a mediados del siglo XIX, el Museo Nacional no contaba con los recursos humanos ni materiales suficientes para operar de forma normal. Tras la caída del imperio en 1867, el museo sufrió algunas modificaciones. Su nombre cambió a Museo Nacional y aumentaron sus colecciones, cuya clasificación y catalogación también cambió.
En 1908, con el gobierno de Porfirio Díaz, las colecciones que correspondían a la historia natural fueron separadas del resto y fueron llevadas a un nuevo recinto ubicado en la calle del Chopo. Derivado de lo anterior, las piezas catalogadas y el nombre del museo volvieron a cambiar, convirtiéndose en el Museo Nacional de Arqueología, Historia y Etnografía.
Ya en el siglo XX, específicamente en el año de 1939, el presidente Lázaro Cárdenas fundó el Instituto Nacional de Antropología e Historia (por sus siglas, INAH) y se propuso como ubicación el Castillo de Chapultepec, recinto adecuado para alojar las colecciones del departamento de Historia del museo. Finalmente, el 27 de septiembre de 1944 el presidente Miguel Ávila Camacho inauguró el Museo Nacional de Historia, que en ese entonces contaba con 30 salas.
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