Los residuos y cultivos de cobertura que están sobre el suelo proporcionan numerosos hábitats para los insectos, bacterias y hongos. En los sistemas de Agricultura de Conservación ocurren más insectos y microorganismos ya que son capaces de hibernar hasta el siguiente cultivo.
Por ejemplo, la incidencia de caracoles y babosas puede incrementarse bajo condiciones húmedas. Los residuos sobre la superficie del suelo que conservan la humedad favorecen el desarrollo de estas plagas.
Con un buen manejo de los residuos es posible prevenir la ocurrencia de grandes infestaciones.
La presencia de los residuos de cultivos requiere una especial atención ya que proporcionan el medio de supervivencia más importante para los patógenos. Bajo estas condiciones, la rotación de cultivos es la principal herramienta disponible para reducir la cantidad de inóculo de los organismos causantes de enfermedades y a la vez alternar especies con diferentes profundidades de enraizamiento, a fin de evitar la compactación del suelo, lo que favorece las enfermedades de las raíces.
Las enfermedades de las plantas reducen las cosechas, desmejoran la calidad del producto, limitan la disponibilidad de alimentos y materias primas; el impacto que esto tiene para las personas que dependen de la agricultura, es muy grande.
En la actualidad la producción agrícola y particularmente la sanidad vegetal, se enfocan cada vez más en estrategias de manejo basadas en las tecnologías de la información, mismas que han mostrado ser de gran utilidad para incrementar la productividad de los cultivos y aminorar la contaminación y el impacto ambiental.
