Nació el 16 de mayo de 1910, en Xiconténcatl, Tamaulipas, México. Sus estudios superiores sobre Química, Bacteriología y Parasitología los efectuó en la Ciudad de México, en la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas del Instituto Politécnico Nacional (IPN), en 1938. Realizó una maestría en microbiología y botánica en la Graduate School of Northwestern University en Illinois y un doctorado en microbiología en la Escuela de Graduados de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM).

Paralelamente a sus estudios, impartió diversos cursos en el IPN, y fundó las materias de Botánica Criptogámica y Ciencias del Suelo. También dio clases en las facultades de Química e Ingeniería de la UNAM, así como en la Escuela Nacional de Agricultura, en el Colegio de Postgraduados de la Secretaría de Agricultura y en el Centro de Investigación y Estudios Avanzados.

Marroquín fue un importante científico mexicano, un entusiasta promotor del cultivo e industrialización de plantas arraigadas en el gusto y consumo populares con gran potencial nutricional como el amaranto y el agave. Fue director técnico de San Miguel de Proyectos Agropecuarios hasta el 2000, año de su muerte. Con el apoyo financiero y el equipo técnico de esta empresa desarrolló varias investigaciones del amaranto, que le llevaron al reconocimiento nacional e internacional.

Uno de los trabajos más importantes de este científico mexicano fue la producción de dos fracciones de harina integral de amaranto: (1-R) rica en proteína y (2-R) rica en almidón, productos que para introducirse en el mercado no necesitaron proponer cambios en los hábitos alimenticios pero si contribuyeron al mejoramiento del valor nutricional de la alimentación de un grupo numeroso de la población de América. A partir de sus estudios se han abierto opciones de industrialización del amaranto en tres ámbitos importantes: desarrollo de productos comestibles, generación de alimentos que se procesan en el hogar y productos para animales.

Recibió múltiples reconocimientos en el transcurso de su larga trayectoria profesional. En 1972 y 1975 obtuvo el premio Banamex; el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (Conacyt), después, le otorgó el Premio en Ciencia y Tecnología de Alimentos por sus trabajos sobre proteína unicelular y jarabes de fructosa. La Organización de las Naciones Unidas para la Agricultura y la Alimentación (FAO) y varias Secretarías de Estado le concedieron el Premio Nacional de Investigación en Alimentos, y el gobierno de Francia le entregó el Diploma al Mérito Microbiológico, con motivo del centenario de la fundación del Instituto Pasteur en 1989. Su nombre se ha perpetuado en la Universidad Autónoma Metropolitana (UAM), ya que en 1994 se nombro a uno de los cursos impartidos por esa institución “Cátedra Alfredo Sánchez Marroquín”.