Algunos organismos descentralizados, como en el caso del Consejo Nacional para el Deporte (CONADE), el Consejo Nacional Contra las Adicciones (CONADIC), el Consejo Nacional para Prevenir la Discriminación (CONAPRED), el Consejo Nacional para la Cultura y las Artes (CONACULTA), han desarrollado programas para favorecer el desarrollo integral de los alumnos. Estas organizaciones proponen estrategias para prevenir la delincuencia, la violencia y las adicciones. Además, atienden los casos donde las niñas y los niños hayan sido víctimas de estas situaciones o algún otro factor que atente contra su dignidad como persona o limite su desarrollo integral.

También la sociedad civil organizada se ha convertido en un apoyo importante para el Programa y actualmente se llevan acciones preventivas y de atención a la seguridad en las escuelas de educación básica a través de la Fundación NEMI, México Unido Contra la Delincuencia y los Centros de Integración Juvenil, entre otros.