La producción del algodón en México se puede ver afectada por dos principales plagas, denominadas por el Servicio Nacional de Sanidad, Inocuidad y Calidad Agroalimentaria (SENASICA), como  plagas reglamentadas del algodonero, integradas  por el picudo algodonero (Anthonomus grandis Boheman), y el gusano rosado (Pectinophora gossypiella Saunders).

En el caso del Picudo Algodonero, es un insecto nativo de México que se alimenta de los botones y las flores de la planta. Cuando las hembras depositan sus huevecillos dentro de los botones, pueden provocar una gran pérdida del cultivo; mientras que el gusano rosado es una plaga que ingresó a México en 1911 que afecta la calidad de la fibra y semilla.

Para atender estos problemas a finales de los noventa, se implementó un programa para la erradicación del picudo del algodonero en el Valle de Mexicali, Baja California y Caborca, Sonora. Posteriormente, en el 2002 se inició el Programa Binacional de Erradicación del gusano rosado y picudo del algodonero entre el USDA y el SENASICA, en el estado de Chihuahua, en 2004; en Tamaulipas, en 2008; en Baja California y Sonora; y en 2014 en la Región Lagunera (abarca municipios de Coahuila y Durango).

Actualmente, se tiene implementada la Campaña contra Plagas Reglamentadas del Algodonero en los estados de Baja California, Chihuahua Coahuila, Durango, Sonora y Tamaulipas, para su operación, el Gobierno de la República destinó en el ejercicio fiscal 2018 un presupuesto de 36.2 millones de pesos a través del Programa de Sanidad e Inocuidad Agroalimentaria. Cabe señalar, que para el 2018 se estima una superficie de 235 mil hectáreas de algodonero, con respecto a las 212 mil hectáreas establecidas en el 2017, superficie considerada como la más alta en los últimos 20 años.

Es importante mencionar que las superficies del algodón con reconocimiento oficial de zonas libres trae consigo grandes beneficios, entre los que destacan: reducción en los costos de producción, incremento en el rendimiento y calidad de la fibra y semilla, y movilización de productos y subproductos del algodonero sin Certificado Fitosanitario de Movilización Nacional.

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