El Senasica cuenta con una red de laboratorios de salud animal coordinados por la Comisión Mexico-EU para la Prevención de la Fiebre Aftosa y otras enfermedades (CPA), estos laboratorios tienen una infraestructura y equipo especializado a fin de detectar amenazas para la salud de animales.
A través de estos laboratorios de alta seguridad, se lleva a cabo el diagnostico de muestras enviadas por médicos veterinarios y biólogos durante el trabajo de campo. Se encuentran ubicados estratégicamente en todo el territorio nacional, lo que permite tener una amplia capacidad diagnóstica para cubrir las necesidades de vigilancia epidemiológica en todo el país.
El laboratorio de bioseguridad nivel 3 (LBS3), tiene los métodos de trabajo y equipo de seguridad de extremo cuidado, ahí se realizan estudios para diagnosticar enfermedades graves en animales.
En Cuautitlán Izcalli, Estado de México, a petición del ayuntamiento, el Senasica realizó estudios en los laboratorios especializados los cuales indican que la neurotoxina que provoca el botulismo es la causa más probable de la muerte de aves migratorias y endémicas, detectada durante las últimas semanas en el Lago de Guadalupe.
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