Especialistas se enfrentaron con el reto de evitar el contagio de esta enfermedad, de la cual no existía ningún registro y era totalmente desconocida; no había cura, ni medidas sanitarias para su control. En poco tiempo se extendió en todo el Valle de México y afectó los estados de Coahuila, Michoacán, Morelos, Guanajuato, Guerrero, Hidalgo, Jalisco, Nuevo León, Puebla, Querétaro, San Luis Potosí, Tlaxcala y Veracruz.
Para hacer frente a la situación, se conformó un equipo de trabajo integrado por médicos veterinarios, administradores, comunicólogos, abogados y miembros de las fuerzas armadas, cuyas actividades de emergencia quedaron a cargo del Sistema Nacional de Emergencia de Salud Animal (SINESA).
Se realizó la toma de muestras y fueron enviadas al laboratorio de la Comisión México-Estados Unidos para la Prevención de la Fiebre Aftosa y otras Enfermedades Exóticas de los Animales (CPA), para conocer las características de resistencia del virus a las condiciones ambientales, la capacidad de la enfermedad de multiplicarse y los portadores, entre otros aspectos; además, se obtuvieron datos de casos en China y Europa. Se fortaleció la investigación con los departamentos de patología de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia y de la Facultad de Estudios Superiores de Cuautitlán, de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). Con el trabajo en conjunto se logró desarrollar, en tiempo récord, una forma eficiente para conseguir miles de pruebas: técnicas de diagnóstico, tratamiento a través de sueros, así como el uso de papel filtro para la obtención de muestras de campo.
Para evitar la expansión la enfermedad, se establecieron cercos cuarentenarios, que restringían la movilización y comercialización. Además se realizó el sacrificio de animales infectados y la incineración o el entierro de los cadáveres en las mismas granjas. Para compensar la pérdida, las autoridades sanitarias apoyaban a la población, implementando un sistema de reposición de los animales sacrificados, mediante vales por la cantidad de conejos muertos. Posteriormente, comenzaron los trabajos de desinfección en las herramientas de trabajo y las instalaciones. Para comprobar la efectividad de la desinfección y que los criaderos estuvieran libres del virus, se colocaron conejos centinelas (animales sanos) durante cierto tiempo, a modo de prueba, para conocer si la zona era libre de la enfermedad. En el momento que los conejos centinelas no morían, las autoridades sanitarias repoblaban el lugar, con el número de animales sacrificados.
Debido a la rápida diseminación del padecimiento, se estableció un plan de información masiva en radio y televisión, que consistía en la transmisión de entrevistas de especialistas, así como la difusión de boletines de prensa, reparto de volantes y cartas informativas dirigidas al público en general y a maestros de educación primaria de las zonas afectadas. El Mago Frank y el Conejo Blas, apoyaron a la promoción de las campañas de sacrificio y repoblación de los conejos, juntos fueron parte de una animación, en dónde el mago introducía en su sombrero el conejo enfermo que le entregaba un niño y a su vez proporcionaba un vale de cambio, para luego entregarle una figura de Blas.