La zona marina protegida consta de 587 km2 e incluye dos poligonales. La primera, alrededor de las islas Espíritu Santo y La Partida, abarca una superficie de 577.5 km2. La segunda se extiende sobre el Bajo de Espíritu Santo con una extensión de 9.09 km2. Desde el 14 de julio de 2005, las islas y áreas naturales protegidas del Golfo de California forman parte de la prestigiada lista de sitios Patrimonio Natural Mundial de la Humanidad de la UNESCO.

El Archipiélago de Espíritu Santo es, en su totalidad, un sitio de interés. Su aislamiento, origen volcánico, belleza escénica, especies de flora y fauna, los contrastes entre el mar y el desierto, cautivan intensamente a quien lo visita. La seductora tranquilidad de sus numerosas playas y lo prístino del entorno son sus principales atractivos. Sus atributos pueden ser disfrutados de diversas formas: observando su flora y fauna a bordo de una embarcación (yate, velero, panga o kayak), caminando a través de los senderos autorizados o descansando en sus más de veinte playas destinadas para la recreación y el campismo.

El parque nacional alberga, tanto en sus islas e islotes, como en su área marina adyacente, un número elevado de especies de flora y fauna, entre ellos ejemplares que no pueden ser encontrados en otra parte del mundo, las llamadas especies endémicas, sobre todo reptiles y mamíferos.

Por mencionar algunas muestras de su biodiversidad, en la porción terrestre se sabe que existen más de 200 especies de plantas vasculares, de las cuales 53 son endémicas de estas islas y de la región. De igual forma, hay más de 70 especies de fauna insular, entre anfibios, reptiles, aves y mamíferos, con endemismos notables como el juancito, el babisuri, la liebre negra y la serpiente arenera.

En su porción marina se pueden observar más de 50 especies de aves acuáticas que descansan o anidan en el archipiélago, y por lo menos 15 especies de mamíferos marinos. Una de éstas es el lobo marino de California, con una colonia reproductiva de aproximadamente 300 individuos en Los Islotes, al norte del archipiélago.

Todos los hábitats que caracterizan a la Bahía de La Paz están representados en el parque nacional: manglares, fondos arenosos, arrecifes rocosos, esteros, bahías y mantos de rodolitos, entre otros que forman la base de la biodiversidad del sitio y permiten la continuidad de los procesos ecológicos que determinan la productividad y dan belleza escénica al área.

Entre los procesos ecológicos que ocurren en el área destaca la presencia de sitios de crianza, reproducción y alimentación de diversas especies marinas, incluyendo a varias de interés comercial.

Este parque es visitado por un número creciente de usuarios, principalmente turistas, quienes realizan actividades como campismo, kayakismo, caminatas, buceo, pesca deportiva y navegación.

Para visitar el área es necesario llegar por embarcación, viajando 25 km desde la ciudad de La Paz, Baja California Sur, hacia el límite oriental de la Bahía de La Paz. El archipiélago está formado por dos islas mayores: La Partida, al norte, y Espíritu Santo, y por tres islotes ubicados frente al litoral occidental de la isla Espíritu Santo, llamados La Ballena, El Gallo y La Gallina.

También existen numerosos sitios para practicar el buceo deportivo, incluyendo los alrededores de Los Islotes, en donde es posible bucear en compañía de lobos marinos, y El Bajo de Espíritu Santo, dónde ocasionalmente se observan mantas gigantes y tiburones martillo.

Todas estas características hacen del Archipiélago de Espíritu Santo una de las áreas más importantes para la conservación y el aprovechamiento sostenible de las actividades pesqueras y ecoturísticas en el sur del Golfo de California.

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