Desde 2002, la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas, en colaboración con la Comisión Nacional Forestal y el Grupo de Ecología y Conservación de Islas llevan a cabo un programa de restauración integral en esta reserva ubicada en el estado de Baja California.
Dicho programa contempla la reforestación con especies arbóreas nativas y endémicas; la conservación y protección de suelos mediante el manejo de la erosión; y la prevención de incendios por medio de brechas cortafuego y remoción de material combustible.
Resultado de ello, la superficie del bosque de ciprés endémico de Isla Guadalupe aumentó de 160 hectáreas en 2004 a 230 en 2013 y se ha logrado recuperar naturalmente alrededor de 20,000 pinos adultos y jóvenes al haber eliminado en su totalidad la población de cabra feral.
Además, seis plantas herbáceas y arbustos que se creían extintas (como la Satureja palmeri) fueron redescubiertas, mostrando que el banco de semillas de la isla se aún conservaba.
En 2016 se instaló un vivero que han producido 10 mil plantas de cedro, pino y encino que serán utilizadas en las tareas de reforestación.
En este proyecto colaboraron la CONANP, la Secretaría de Marina y la sociedad civil organizada, representada por la comunidad local (la cooperativa Abuloneros y Langosteros) y el Grupo de Ecología y Conservación de Islas.
