Se ubica en la parte septentrional del Estado de Yucatán, se caracteriza por su vegetación de selva baja caducifolia y selva secundaria, encontrándose especies como: sak kaatsim (Mimosa bahamensis), chukum (Havardia albicans) y ts'iits'ilche' (Gymnopodium floribundum), son tipos de vegetación más particulares de la Península de Yucatán, en el que se encuentran zonas de afloramientos rocosos que han favorecido el crecimiento de cactos columnares, poco comunes en la región.
En el Parque Nacional se distribuyen diversas aves tanto migratorias como residentes como: tortolita rojiza o mukuy (Columbina talpacoti), Toj, momoto ceja azul (Eumomota superciliosa), periquillo alcaparrero, conocido localmente como k'ilil (Aratinga nana), esta última especie sujeta a protección especial. Asimismo, los mamíferos, reptiles, anfibios y mariposas tienen importancia particular, por contar con especies endémicas y en algún estatus de riesgo.
Asimismo, el Área Natural Protegida presenta características geológicas singulares que dieron origen a la formación de cenotes, mismos que constituyeron las únicas fuentes de obtención de agua para los antiguos pobladores mayas y la fauna del lugar, siendo el más importante el conocido como Xlakáh, uno de los cenotes más norteños que se ubican dentro del llamado “Anillo de cenotes” en el cual habitan peces endémicos del estado de Yucatán.
El Parque Nacional incluye la Zona de Monumentos Arqueológicos del mismo nombre, protegida por el Instituto Nacional de Antropología e Historia, que contiene importantes vestigios del período clásico tardío de la civilización Maya, lo que le confiere importancia histórica y cultural al área.
El Programa de Manejo del Parque Nacional Dzibilchantún, constituye un instrumento de planeación y regulación basado en el conocimiento de los recursos naturales presentes, los usos actuales y potenciales, así como las necesidades de conservación y manejo, en apego a las políticas y normatividad para la protección de los recursos naturales.
