Laboratorio natural para el estudio de la especiación y el conocimiento de casi todos los procesos de evolución oceánicos y costeros son las 244 islas e islotes del Golfo de California, sitio entre la Península de Baja California y los estados de Sonora y Sinaloa, al que la UNESCO nombró Patrimonio Mundial Natural de la Humanidad.

Las islas e islotes de este sitio albergan 695 especies botánicas, cifra muy superior a la del resto de sitios insulares y marinos inscritos en la lista del Patrimonio Mundial. Y en sus aguas se reproducen 891 especies de peces, 90% de ellos endémicos, 39% de mamíferos marinos y 33% de cetáceos, del total mundial de esas especies.

A lo largo de mil 126 km, el mar de Cortés posee otra relevante zona: el Parque Nacional Archipiélago de Espíritu Santo (2007), cuyas 900 islas e islotes suman 105 km2 y equivalen al 50% del territorio insular de México. Sobresalen las islas: La Partida y Espíritu Santo; los islotes: La Ballena, El Gallo y La Gallina, y los promontorios: Los Islotes, y tres más sin nombre oficial.

El archipiélago cautiva por su aislamiento, origen volcánico, belleza escénica, biodiversidad, contraste entre mar y desierto y la tranquilidad de sus playas y prístino entorno.

En tierra existen 200 especies de plantas vasculares, 53 endémicas a otras islas y a la región. Es hábitat de 70 especies de fauna: anfibios, reptiles, aves y mamíferos, y endémicas como el juancito, babisuri, liebre negra y serpiente arenera.

Unas 50 especies de aves acuáticas descansan o anidan en el archipiélago, además de 15 de mamíferos marinos, como el lobo marino de California, con 300 individuos en Los Islotes.

Otro sitio, la Reserva de la Biósfera Bahía de los Ángeles con más de 387,956 has y 16 islas e islotes: Coronado, La Ventana, Cabeza de Caballo, Piojo, Coronadito, La Flecha, La Pata, La Bota, El Jorobado, La Cerradura, La Clave, Aremar o La Rasita y Los Gemelitos, alberga tiburones ballena, ballenas de aleta, leones marinos y cinco especies de tortugas marinas, todos en peligro de extinción.

A su vez, el Parque Nacional Archipiélago Marino de San Lorenzo, en la isla del mismo nombre, municipio de Mexicali, destaca en el mar de Cortés por ser hábitat de especies amenazadas, vulnerables y en peligro de extinción como las ballenas azul y jorobada; además de orca, cachalote, tortugas carey, verde y golfina, y la totoaba--, así como especies comerciales: merluza, pez espada y delfín risso.

La gaviota de Heermann, golondrina de mar elegante, ostrero americano, murreles de Craveri y pelícano café anidan en isla Rasa, que atrae también a halcones de Cooper y peregrino, águila real, columbidae, fragata magnífica y piquero de Nazca.

Las escarpadas islas de San Lorenzo, Las Ánimas, Salsipuedes, Rasa y Partida suman un territorio árido de 50,442 has con pocos arbustos y cactus, mientras su flora marina de diversidad de algas da hábitat a muchas pequeñas especies.

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