En el 2010, México y Estados Unidos reconocieron que el Cañón de Santa Elena representaba uno de los complejos ecológicos más grandes e importantes en América del Norte. Está ubicado en los municipios de Manuel Benavides y Ojinaga, en el estado de Chihuahua. Cuenta con 277 hectáreas de extensión.
La ecorregión del desierto chihuahuense abarca alrededor de 70 millones de hectáreas que en México ocupan gran parte de los estados de Chihuahua, Coahuila, Durango, Zacatecas, grandes porciones de San Luis Potosí y Nuevo León en México, y áreas significativas de Texas y Nuevo México en los Estados Unidos.
El área protegida del Cañón es esencial para la diversidad biológica, ya que contribuye a procesos ecológicos, sustenta una alta diversidad de plantas y animales (tiene un alto endemismo de especies) y una gran riqueza geológica e hidrológica, es decir, incluye entre el 85 y el 93% de las especies de flora y fauna representativas del desierto chihuahuense.
La ecorregión que comprende al Cañón de Santa Elena, la Reserva de la Biosfera de Mapimí, las Áreas de Protección de Flora y Fauna de Maderas del Carmen, Ocampo y Cuatrociénegas, es reconocida a nivel internacional como una de las 200 áreas prioritarias para la conservación de acuerdo con el Fondo Mundial para la Naturaleza.
El 7 de noviembre de 1994 fue declarado Área Natural Protegida con el carácter de área de protección de flora y fauna. En 1997 fue publicado su programa de manejo, instrumento mediante el cual es regulada su administración y operación, y que fomenta la participación de las comunidades locales en la conservación del suelo, combate a incendios y control de especies exóticas.