Con fecha 1 de marzo de 2017, se crea la Dirección General de Capitanías de Puerto y Asuntos Marítimos, dependiente orgánica, operativa y administrativamente de la Subsecretaría de Marina y entra en funciones a partir del 1 de junio del 2017, según Acuerdo Secretarial número 14 publicado en el Diario Oficial de la Federación el 3 de marzo de 2017.
El 1 de diciembre de 2017, se publicó en el Diario Oficial de la Federación el Decreto por el que reforman, adicionan y derogan diversas disposiciones del Reglamento Interior de la Secretaría, el cual establece que la Dirección General de Capitanías de Puerto y Asuntos Marítimos, conforme al artículo fracción II, C Bis de citado Reglamento, cambia de denominación a Unidad de Capitanías de Puerto y Asuntos Marítimos, dependiente orgánica, operativa y administrativamente del Secretario de Marina.