A través del Programa, se busca coordinar y articular la cooperación entre las autoridades de los tres órdenes de gobierno y organismos de defensa de los derechos humanos para salvaguardar la integridad física y el ejercicio efectivo de los derechos humanos de las personas. De esta forma, la población o área de enfoque del Programa son las autoridades de los tres órdenes de gobierno y organismos de defensa de los derechos humanos y, a través de su operación y de los componentes que se generan, se beneficia a personas físicas.
La coordinación y articulación de las políticas públicas en materia de derechos humanos se logra por medio de diferentes instancias de coordinación, como por ejemplo el Mecanismo para la Protección de Personas Defensoras de Derechos Humanos y Periodistas y la Comisión Intersecretarial para Prevenir, Sancionar y Erradicar los Delitos en Materia de Trata de Personas y para la Protección y Asistencia a las Víctimas de estos Delitos. A su vez, el Programa cuenta con sistemas de información que permiten dar seguimiento a la aplicación de diversas políticas y estrategias en materia de derechos humanos en todo el país, así como al cumplimiento de las resoluciones emitidas por las instancias competentes. El Programa también busca afianzar la implementación de la Reforma Constitucional en Materia de Derechos Humanos con actividades de capacitación, difusión y promoción, pero principalmente a través de la colaboración con las entidades federativas para la elaboración de diagnósticos y de programas de política pública en materia de derechos humanos.