Al concluir la Guerra de Reforma, el General en Jefe de las tropas liberales, Jesús González Ortega, expidió el 27 de diciembre de 1860, un decreto por el cual licenciaba al Ejército y en consecuencia, el Colegio Militar.
Para el 2 de mayo de 1861, el General José Justo Álvarez había elaborado por encargo del Ministro de la Guerra, General Ignacio Zaragoza, un proyecto de "Establecimiento de las Escuelas Militares del Ejército Federal", el cual contemplaba la creación de la Escuela Militar de Infantería y Caballería. Este plantel se inauguró en ese mismo año y permaneció en funciones hasta el 23 de mayo de 1863, en que tuvo que ser clausurado por el avance de las tropas francesas intervensionistas.
Restablecido por decreto del Presidente Benito Juárez de fecha 7 de diciembre de 1867, el Colegio Militar ocupó sucesivamente los edificios del Cuartel Arista (esquina noreste del Palacio Nacional) y del ex-Arzobispado de Tacubaya.
El 23 de diciembre de 1880, el General Sóstenes Rocha ocupó el cargo de Director del Colegio Militar y una de sus primeras preocupaciones, fue lograr que el heroico plantel ocupara su antigua residencia en el Castillo de Chapultepec, para lo cual realizó una serie de gestiones que culminaron exitosamente el 8 de junio de 1883.