En el año de 1917, don Venustiano Carranza crea el cuerpo Médico Militar, constituido con profesionales de la medicina, dentro de los cuales se incluyó a los Cirujanos Dentistas, estipulando que estos últimos efectuarían sus estudios en una escuela anexa a la Escuela Médico Militar cuando el jefe del poder federal lo estimare conveniente. Es así como por primera vez se vislumbra la creación de un plantel militar formador de Cirujanos Dentistas Militares. 

En 1933, surge la propuesta realizada por los Cirujanos Dentistas Roberto Álvarez Boettiger y J. Raigadas Pasalagua en coordinación con el Teniente Coronel M. C. Francisco R. Vargas Basurto, para la creación de un plantel de formación de Cirujanos Dentistas Militares.

El Presidente de la República en ejercicio de la facultad que le confiere la fracción I del artículo 89 de la Constitución Política de los Estados Unidos Mexicanos y con fundamento en los artículos 62, 75 y 122 de la Ley Orgánica del Ejército y Fuerza Aérea Mexicanos, publica en el Diario Oficial de fecha 27 de julio de 1976, el acuerdo de creación de la Escuela Militar de Odontología.

Es así como el 1º. de marzo de 1976 se inaugura oficialmente la Escuela Militar de Odontología en el auditorio del Hospital Central Militar, dependencia en donde inicia sus actividades académicas y clínicas y en donde se le asigna un espacio para establecer sus oficinas de gobierno, pasando su revista de entrada el 28 de julio del mismo año.

La carencia de un edificio propio para alojar al cuerpo de cadetes masculinos originó que fueran instalados en el 1/er. Batallón de Ingenieros de servicio y, el personal de cadetes femeninos, en la Escuela Militar de Enfermeras. 

Un año después de su creación, el 4 de marzo de 1977, según acuerdo del Secretario de la Defensa Nacional, la Escuela Militar de Odontología, reubica sus áreas directiva y administrativa en el edificio de la Escuela Militar de Graduados de Sanidad y su cuerpo de cadetes pasa a ocupar parte de los dormitorios de la Escuela Médico Militar, continuando sus actividades académicas y clínicas en el Hospital Central Militar; posteriormente se instalaron cuatro unidades dentales en el Centro de Salud de la Unidad Habitacional Militar de Lomas de Sotelo, donde efectuaron sus actividades clínicas hasta la construcción y apertura de la clínica estomatológica, lo cual se realizó el 27 de febrero de 1981, contando con una capacidad de 20 unidades dentales para uso exclusivo del personal discente del plantel. 

En agosto de 1994, el Secretario de la Defensa Nacional le asigna al plantel sus propias instalaciones, en lo que anteriormente fue la Escuela Militar de Ingenieros. 

El 15 de marzo del 2014, se desocupan las Instalaciones de la Escuela Militar de Odontología, con motivo de su demolición con el fin de construir el Centro Militar de Ciencias de la Salud (Ce.Mi.C.Sa.), trasladándose temporalmente a las Instalaciones de la Escuela Medico Militar.

En febrero del 2015, son ocupadas las nuevas Instalaciones de la Escuela Militar de Odontología, formando parte del Centro Militar de Ciencias de la Salud (Ce.Mi.C.Sa.), lugar donde actualmente se desarrollan todas las actividades administrativas y académicas.

Con fecha 1/o. de febrero del 2020, el Curso de Formación de Cirujano Dentista Militar, incrementa su duración a cinco años a partir del ciclo escolar 2020-2021.