Los orígenes de este Plantel Militar se encuentran relacionados con la evolución de la Educación Militar en México desde finales de la Colonia, después de la consumación de la independencia y hasta nuestros días.
En el año de 1808, se crea la fundición de artillería y los Cursos de formación para oficiales de artillería y de ingenieros.
En 1817, el Brigadier Realista, Don Diego García Conde, manifestó la necesidad de crear una Escuela militar en la que se recibiera a los cadetes del virreinato (nombre otorgado a los jóvenes criollos y mestizos que ingresaban al ejército) y se les proporcionara una enseñanza de los principios, normas y procedimientos de Ingeniería militar, bajo una doctrina común. Al consumarse la independencia, la mayoría de los Ingenieros militares españoles que formaban la sub-inspección en esta tierra, optaron por regresar a España. Los pocos que permanecieron, adoptaron la ciudadanía mexicana, entre ellos se encontró el Brigadier Realista Diego García Conde, quien el 13 de octubre de 1821 juró la independencia de México, reconociéndosele el grado de Mariscal de Campo.
El 12 de enero de 1822, la Regencia nombra al Mariscal de Campo Diego García Conde, Director General de Ingenieros, quien presenta a la citada Regencia un proyecto para crear un Colegio Militar en donde se impartieran los conocimientos científicos necesarios a los oficiales del ejército y a los jóvenes que quisieran abrazar la Carrera de la Ingeniería Militar. Proponía además, la creación del Cuerpo de Ingenieros formado por un batallón de minadores y zapadores. Al ser turnado este proyecto al poder legislativo, éste dictaminó que se archivara hasta que el Ejército quedara totalmente organizado. Aún cuando el Congreso propuso la creación de una Escuela para todos los oficiales de las armas, Don Diego García Conde consigue reunir en los últimos meses de 1822, un número suficiente de cadetes bajo su propia dirección y empieza a funcionar el primer Plantel Educativo Militar Nacional denominado Academia de cadetes, que por su naturaleza, el pueblo la conoció como Academia de ingeniería o Colegio militar de México. Lo instaló en el antiguo edificio de la inquisición, actualmente localizado en la esquina formada por las calles de Brasil y Venezuela, en la Ciudad de México, funcionando a partir de mayo de 1822.
El 3 de septiembre de 1823, se publica el decreto que crea la Academia de cadetes dependiente de la Dirección General de Ingenieros; ese mismo año logró que causaran alta en el cuerpo, previo examen de admisión, personal de estudiantes aventajados de la Academia de San Carlos de Perote, Veracruz.
Después de la caída de la Regencia a principios de 1824, por el Plan de Casamata y al triunfo del movimiento republicano, el gobierno decidió la creación del Cuerpo de Estado Mayor General, mismo que asume la dependencia de los establecimientos de Educación Militar. Entonces, se ordenó que fueran concentrados en la fortaleza de San Carlos de Perote, Veracruz, los estudiantes pertenecientes a la Academia de Cadetes y todos los individuos que ostentaban dicho nombramiento pertenecientes a los cuerpos de las armas, para establecer en ese lugar el Colegio donde recibirían la instrucción correspondiente a cada arma.
Posteriormente, el General Manuel Gómez Pedraza, Ministro de Guerra en el gabinete del General Guadalupe Victoria, decretó el 5 de noviembre de 1827 la creación del Cuerpo de Ingenieros, estableciendo en el Artículo 3/o.: "A cargo del Cuerpo de Ingenieros se establecerá un Colegio Militar para la instrucción de todas las armas del ejército".
El Colegio Militar se estableció con los alumnos que aún quedaban en la fortaleza de San Carlos de Perote, los Ingenieros que quedaron en la Capital y los de la Academia de Artillería que se encontraban en la Ciudadela; para el efecto, al Colegio se le asignó el 13 de diciembre de 1829, el edificio del convento de los Bethlemitas. El cargo de Director del Colegio Militar recayó en el Teniente Coronel de Ingenieros Juan Arango. Los primeros egresados como Ingenieros fueron los Subtenientes Miguel y Santiago Blanco, que posteriormente fueron Ministro de Guerra y Director del Colegio Militar, respectivamente. Otro egresado del Colegio en ese tiempo fue Don Santos Degollado, alma militar de la Guerra de Reforma. De aquí en adelante la historia de la Escuela Militar de Ingenieros va ligada a la del Heroico Colegio Militar, como se demuestra en los hechos históricos de la Batalla de Chapultepec el 13 de septiembre de 1847, en la cual, entre otros muere el C. Teniente de Ingenieros Juan de la Barrera.
En años siguientes, el Colegio Militar fue disuelto y reabierto en diversas épocas, debido a las intervenciones extranjeras y los movimientos sociales que se daban en el país y que generaron la Revolución Mexicana. Corresponde al Presidente Don Venustiano Carranza, restablecer el 1/o. de enero de 1920, en las instalaciones de la Escuela normal para maestros, el Colegio militar, conformado por las Escuelas de Infantería, Caballería, Administración Militar, Ingenieros Militares, Artillería y de Estado Mayor.
El 11 de diciembre de 1923, se gradúa la primera antigüedad de oficiales técnicos: 18 Ingenieros Constructores y 11 Artilleros Técnicos, llamados posteriormente Ingenieros Artilleros y, actualmente, Ingenieros Industriales.
Esta vinculación permanece hasta marzo de 1959, en que el Director del Heroico Colegio Militar propone la creación de la Escuela Militar de Ingenieros.
El 1/o. de febrero de 1960 cesa el Curso de Ingenieros y se da entrada a la Escuela Militar de Ingenieros, continuando su dependencia del Heroico Colegio Militar. En el decreto presidencial del 26 de Agosto de 1960 publicado en el Diario Oficial, se crea con fecha 2 de julio 1960 la Escuela Militar de Ingenieros, la cual dependerá administrativamente de la Dirección General de Ingenieros, pedagógicamente de la Dirección General de Educación Militar, y ambas de la Secretaría de la Defensa Nacional.
Por acuerdo del ciudadano General Secretario de la Defensa Nacional, el día 9 de enero de 1961, la Escuela Militar de Ingenieros, queda provisionalmente establecida en el lado norte de la Secretaría de la Defensa Nacional. Es durante el segundo semestre de ese año que se traslada a las instalaciones de Batalla de Celaya No. 202, en Lomas de Sotelo, Distrito Federal. Durante este período, la Escuela Militar de Ingenieros logra definir la forma, escudo, colores y leyenda de la placa de Ingeniero Militar. El escudo, himno y exhorto (Crisol de la ciencia y del honor), y a partir del 12 de junio de 1961 se autoriza la utilización de los mismos, los cuales son producto de la creatividad de los CC. Cor. I.C. Rogelio Brambilia y Tte. Cor. I.C. Manuel Vázquez Barete.
Por acuerdo del C. General Secretario de la Defensa Nacional, con fecha 31 de agosto de 1971, se crearon las Carreras de Ingeniero Industrial en las especialidades de Mecánico, Electricista y Químico, además se sustituyó la Carrera de Ingeniero de Transmisiones por la de Ingeniero en Comunicaciones y Electrónica, conservándose la Carrera de Ingenieros Constructores.
Con fecha 14 de agosto de 1994, la Escuela Militar de Ingenieros se traslada a las instalaciones del Campo Militar No. 1-B, Popotla, Cd. Méx., en donde permanece hasta junio de 2018.
El 1/o. de septiembre de 1997, se establece la Carrera de Ingeniero Militar en Computación e Informática, con lo que actualmente la Escuela ofrece 6 carreras.
Por acuerdo del C. General Secretario de la Defensa Nacional, el 2 de junio de 2018, las y los discentes hacen su llegada a las nuevas instalaciones de la Escuela Militar de Ingeniería, ubicada en el Campo Militar no. 1-k Lomas de San Isidro, Naucalpan, Estado de México, la cual fue construida en su totalidad por ingenieros militares, donde permanecen hasta la fecha.