Su origen se remonta a la época revolucionaria, del Primer Jefe del Ejército Constitucionalista, Don Venustiano Carranza, quien decreta la creación del Arma de Aviación Militar.
Tras ocurrir este trascendental hecho y ante la necesidad de contar con personal altamente capacitado para operar aeronaves más pesadas que el aire, se crea la Escuela Nacional de Aviación el 15 de Noviembre de 1915, ubicándola en los Campos de Balbuena, Ciudad de México, nombrándose Director, al Mayor Piloto Aviador, Alberto Leopoldo Salinas Carranza.
El 22 de febrero de 1918 se entregó el primer título de la Escuela Nacional de Aviación al Teniente Samuel C. Rojas Rasso, fue el primer Piloto Aviador Militar en ostentar el grado de General y único en ser Director del Heroico Colegio Militar, Director General del Departamento de Educación Militar actualmente Dir. Gral de Educ. Mil. y Rect. de la U.D.E.F.A. y Jefe del Departamento de Aeronáutica, hoy en día Comandancia de la Fuerza Aérea Mexicana.
El 16 de septiembre de1918 participó por primera vez la Escuela Militar de Aviación en el Desfile de la Independencia Nacional en la Cd. de México, con Contingentes Terrestre y Aéreo.
Del 7 al 9 de mayo de 1920, Pilotos de la Escuela Militar de Aviación defendieron la salida del Presidente Carranza de la ciudad de México a bordo del tren presidencial, cuando era perseguido por las tropas del cuartelazo dirigido por Álvaro Obregón, Plutarco Elías Calles y Adolfo de la Huerta.
Los Campos de Balbuena acogen nuevamente al Plantel en 1925, cambiando su nombre por el de Escuela Militar de Aplicación Aeronáutica.
El 31 de octubre de 1932 cambió su ubicación a la ex-fábrica de Azcárate, en el lindero del Puerto Central Aéreo en la Ciudad de México donde retoma el nombre de Escuela Militar de Aviación, el cual conserva hasta la fecha, expidiendose un nuevo reglamento.
En el año de 1935 la Escuela se traslada a Veracruz, Ver., ubicándose en el aeropuerto de las bajadas y para 1939, su sede es cambiada a Monterrey, N.L.
El Estado de Jalisco acoge a la Escuela Militar de Aviación en 1940, estableciéndose en la Ex-hacienda del Espíritu Santo, contigua al Campo de Aviación de las Juntas, de Guadalajara; un año ocupó esa instalación, después se traslada al lugar que hoy ocupa la B.A.M. No. 5, en el municipio de Zapopan, Jal.
Un decreto presidencial, del 22 de agosto de 1959 y publicado el 9 de septiembre del mismo año en el Diario Oficial de la Federación, integra la Escuela Militar de Aviación al Colegio del Aire.
El primero de septiembre del año 2007 ingresó la primera generación y la primer mujer a la Escuela Militar de Aviación que egresarían como Oficiales de Fuerza Aérea Piloto Aviador Licenciatura en Ciencias Militares, debido al cambio de nivel de estudios de técnico superior universitario a licenciatura, aumentando un año más de estudios para evacuar los créditos requeridos.
Asimismo el 31 de Agosto de 2011 egreso la primera generación del Curso de Formación de Oficiales de Fuerza Aérea, Piloto Aviador Licenciada o Licenciado en Ciencias Militares y junto a ella la primera mujer al servicio de la patria.
El 13 de marzo del 2018 la Escuela Militar de Aviación expide a la C. Teniente F.A.P.A. Andrea Yazmin Hernández Sánchez el acta de calificación como la primera instructora de vuelo de citada escuela, lográndose un hito en la trascendencia histórica de la Escuela Militar de Aviación y de la Fuerza Aérea Mexicana al cumplir la misión de estas dos nobles instituciones que es formar, adiestrar y capacitar a los pilotos aviadores militares al servicio del pueblo de esta gran nación.