Como resultado de la evaluación por el Consejo Mexicano para la Acreditación de la Educación Médica, A.C. (COMAEM) la Escuela fue certificada con los más altos estándares de calidad, obteniendo el primer lugar de las escuelas de medicina en México hasta el momento certificadas, motivo por el cual también obtuvo el premio INNOVA, otorgado por la Presidencia de la República, el mismo año.
En el año 2009 y como resultado de la visita de verificación realizada del 4 al 7 de noviembre del mismo año, por el Consejo Mexicano para la Acreditación de la Educación Médica, A.C. (COMAEM), el día 20 de enero del 2010 el citado consejo tomó la decisión de acreditar el plan y programas de estudios de medicina de la Escuela Médico Militar por un periodo de 5 años, siendo esta la segunda certificación que obtiene el plantel, manifestando de esta forma el compromiso de todos los integrantes de esta institución educativa y el apoyo de las Autoridades Militares del Ejército y Fuerza Aérea Mexicanos.